利用优化的5′-RACE实验定位副溶血弧菌基因的转录起始位点
2014-10-27李杰张义全高鹤王丽胡小许周冬生
李杰,张义全,高鹤,王丽,胡小许 ,周冬生
1.中国疾病预防控制中心 传染病预防控制所,传染病预防控制国家重点实验室,北京 102206;2.军事医学科学院 微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京 100071
基因是遗传物质的最小功能单位,它通过转录和翻译而对生物体表型产生专一性效应。转录是DNA指导下的RNA合成过程,起始于DNA模板的一个特定起点,即基因的转录起始位点。对原核生物而言,其mRNA 5′端的碱基即为其转录起始位点。
在前期研究中[1-5],我们通常采用引物延伸实验来确定基因的转录起始位点。但引物延伸实验需要利用放射性核素对特异性引物的5′端进行标记,这不仅极易产生放射性废物污染,而且对实验者的健康也有较大伤害。因此,该方法并不是寻找基因转录起始位点的最优选择。5′-cDNA末端快速扩增(5′-rapid-amplification of cDNA ends,5′-RACE)实验也可以用来确定基因的转录起始位点,该方法通过在mRNA的5′端连接接头(Adapter),而后联合利用逆转录、巢式PCR和DNA测序技术,即可最终确定基因的转录起始位点,具有灵敏度高和特异性好的优点。然而,目前市售5′-RACE试剂盒均是针对真核生物mRNA的帽子结构而设计的。由于细菌的mRNA无帽子结构,市售试剂盒并不能直接应用于原核生物。
副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus,VP菌)是一种广泛分布于浅海海域及海产品中的革兰阴性弧菌,也是引起食物中毒的首要病原菌,能引起以腹泻为主要症状的急性胃肠炎[6]。VP菌具有多种毒力因子,主要包括Ⅲ型分泌系统(T3SS1和T3SS2)、直接耐热溶血素(TDH)和TDH相关溶血素(TRH)。……
