刘 超，苏龙翔，方向群，刘长庭

解放军总医院 南楼呼吸科，北京 100853

铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株全基因组序列测定与分析

刘 超，苏龙翔，方向群，刘长庭

解放军总医院 南楼呼吸科，北京 100853

目的 全基因组测序和分析铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株，研究空间因素对细菌全基因组的影响，为宇航员的保健奠定基础。方法通过革兰染色鉴定LCT-PA220属性，提取基因DNA、构建文库并上机测序；加工处理原始测序数据后进行基因组组装、注释和分析。结果铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株革兰染色阴性，基因组为6.87M，包括5 829个编码序列，平均长度为962 bp，预测到为54个tRNA基因，COG数据库和KEGG数据库比对共注释到22组COG功能和32条KEGG信号通路。结论铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株全基因组测序和基因组清楚，为后续对该菌株的研究打下了基础。

铜绿假单胞菌；基因组；测序；编码序列

铜绿假单胞菌，即绿脓杆菌，是一种非发酵革兰阴性杆菌，菌体细长且长短不一[1]。它存在于土壤、水、皮肤、呼吸道和肠道等，在自然环境中广泛分布，尤其是在潮湿的环境中，可引起人类和动物的疾病，是人类和动物的条件致病菌[2]。免疫力低下(长期使用激素类药物、免疫抑制剂、实行肿瘤放疗、化疗治疗)、侵入性诊疗操作(气管切开、保留导尿管等)或手术后的病人易受该菌感染，因此其常被认为是医院内感染的重要病原菌之一[3-4]。随着生物信息学和新一代测序技术的发展，细菌的基因组研究日趋广泛，为快速研究致病菌株的致病和耐药机制提供了有效的手段[5]。……