何林娜，杨志豪，林鸿飞，李彦鹏，唐利娟

（1.大连理工大学计算机科学与技术学院，辽宁大连116024；2.山东省农业管理干部学院机械电子工程系，山东济南250100）

1 引言

生物命名实体识别的直接目的是从文本集中识别出指定类型的名称，例如，蛋白质、基因、核糖核酸、脱氧核糖核酸、细胞、疾病、药物的名称等［1］。郑强等［2］对目前实体识别的研究情况进行了概述，其结论是近年来生物医学命名实体识别在语料库、特征选择、识别方法等方面取得了一定的进展，但由于生物医学领域的命名实体具有一些独有的特点，要使系统达到更高的性能仍面临着很大的挑战。生物命名实体识别的研究方法主要集中在以下几个方面：词典匹配方法［3］、基于规则的方法［4］、基于语言的方法［5］、基于主动学习的方法［6］以及基于机器学习的方法，如支持向量机（SVM）［7］、隐马尔可夫模型（HMM）［8］、最大熵［9］和条件随机场（CRF）［10］、分类器组合［11］以及词典和CRF相结合的半监督学习方法FCG［12］等。

目前制药工业正日益成为以知识为基础的行业，科学家们在发明药物的过程中需要获取相关的信息和知识。药物相关的研究呈爆炸式发展，远远超出了维护人员更新数据库的速度，这就迫切需要有一种自动提取药物信息的技术。Segura－Bedmar等［13］构建的药名识别系统可以同时对识别出的药名进行分类，该系统用MetaMap Transfer（MMTx）工具对文本中的信息进行抽取，将每个句子中的短语抽取出来并赋予相关的语义类型，然后将语义类型为“Pharmacological Substance”（PHSU）和“Antibiotics”（ANTB）的短语看作是药名，之后再用Stem方法（所有与药相关的词干均可从文献［14］中获取）对MMTx的结果进行补充和分类。徐博等［15］采用上下文模板抽取的方法构造了一个药名词典，然后用词特征的方法对药名词典进行去噪。本文中我们用同样的方法构造了一个药名词典，然后用半监督学习方法FCG［12］对药名词典进行去噪过滤，最后用去噪后的药名词典和CRF相结合的方法进行药名实体识别。

本文提出了一种词典查找和CRF相结合的实体识别方法。首先，我们利用上下文模板匹配的方法从外部资源PUBMED中进行药名提取，从而构成一个药名词典；然后再利用半监督学习方法——特征耦合泛化（FCG）对词典进行去噪；最后我们将去噪后的词典和CRF相结合在测试集上进行药名实体识别。

2 方法

我们的方法主要包括两个处理过程，一个是构造药名词典，另一个是用生成的药名词典结合CRF进行药名实体识别。

2.1 药名词典生成

由于已有的药名词典中包含的药名很少，而且药名词典不能得到及时的更新，所以必须对原有的词典进行扩充。本文中对于药名词典的生成，用的是上下文模板匹配方法［15］。此方法不依赖于已有的数据库，所以它识别出的实体名可以超出已有数据库，能够满足扩充词典的要求。然后我们用半监督学习方法FCG对扩充后的词典进行去噪，最后生成药名词典，方法流程如图1所示。

该流程图可以概括如下：

1.选取药名种子以及用于抽取模板和药名的语料。药名种子均选自Drugbank，我们把Drugbank中能下载下来的药名均作为种子。抽取模板和药名用的语料是1979年到2009年的PUBMED摘要；

图1 药名词典生成流程

2.从PUBMED语料中找到每个药名种子对应的上下文，组成上下文集合。

我们用Drugbank中的药名作为种子，从PUBMED摘要中抽取每个药名的上下文内容。本文在药名前后确定了窗口大小（窗口大小即为单词的数量），我们确定的药名前的窗口大小为3，药名后的窗口大小为2，并用－ENT－来代替药名。图2为本文方法抽取到的上下文的例子；

图2 由药名种子抽取到的上下文

3.根据上下文集合确定触发词，因为不同的上下文可能对应相同的触发词，所以每个触发词都对应一个上下文集合。

每个模板都由几个词组成，然而并非每个词的重要性都一样，图2所示例子中单词“treatment”的重要性就比其他的词大，因为这个词后面出现药名的概率比较大。我们把像“treatment”这样的词定义为触发词。触发词满足以下两个条件：（1）在上下文集合中出现的次数比较多；（2）在其周围可以确定药名；

4.根据每个触发词确定的上下文集合构建有向连通图。图3为所构建有向图的示意；

图3 根据选定的上下文模板构造的有向图

5.根据有向图中的权重进行剪枝，确定最后的上下文模板。本文中我们把权重小于150的分枝去掉，然后对模板进行排序，取排名前4 000的模板做为最终模板。

上面所述的步骤与徐博等［15］描述的基本相同，因此详细信息可参考文献［15］。

2.2 药名词典去噪

本文中我们把药名词典去噪看作分类问题，采用的是基于半监督学习的FCG方法，此方法由Li［12］提出，可以有效地解决数据稀疏的问题。

FCG算法的基本思想是将特征共现的信息转化为新的特征。特征共现要涉及两种特征，一种是低频特征，一种是区分性较强的类别特征。本文中将低频特征推广到任何特征，根据这两种类型特征在未标注语料（PUBMED摘要）中的共现情况我们得到新的特征。这些新的特征融合了未标注语料信息，所以弥补了有限训练集中信息量的不足。

在FCG方法中称第一类特征为实例识别特征（EDF），第二类特征为类别识别特征（CDF），而共现的值用特征耦合度（FCD）来表示。FCD的定义如下

其中x代表EDF，y代表CDF，b在本文中设置为常量1。

因为EDF可以是任何特征，所以一个样本中可以含有很多EDF，每个EDF可以与多个CDF计算得到FCD。FCG方法的基本思路是：新特征是由EDF的上层“抽象概念”、CDF以及FCD类型组合而成，特征的值是当前实例中隶属于同一“抽象概念”的FCD的和。其中“抽象概念”我们用EDF root来表示。图4与图5是这几个概念的一个例子。

图4 EDF和EDF root的层次概念

图5 FCG方法中新特征的形成

本文中我们用的EDF root主要包含以下几种：｛Name，Left－1，Left－2，Left－3，Right－1，Right－2，Right－3｝其中Name是待去噪的药名，Left－n和Right－n分别表示该药名最左边和最右边的n个词，即边界n－gram。表1是EDF的一个实例。

本文中的CDF是根据卡方特征选择方法从EDF中选择出的，其中Left n－gram 300个，Right n－gram 300个。关于FCG算法的详细描述，以及EDF、CDF的选择可参考文献［12］。

最后我们将去噪后的词典和Drugbank中的词典融合在一起作为最终的药名词典。

表1 本文用到的EDF特征

2.3 药名实体识别

这里我们采用两种方法，并结合前面生成的药名词典进行命名实体识别。一种方法是词典匹配，所用到的算法是最大长度匹配，此方法简单快速；另一种方法是条件随机场，在条件随机场中主要用到了以下几种词特征：

1.词典前缀。以药名的前3～4个字母作为特征。

2.词典后缀。以药名的后3～4个字母作为特征。

3.以药名本身作为特征。

4.以词典查找结果作为特征（详细信息参考文献［12］）

3 实验

3.1 实验数据

在药名词典生成中我们用Drugbank中的药名作为种子从PUBMED摘要中提取模板，用最终选出的模板再到PUBMED摘要中提取药名，从而生成初步的药名词典。然后用Drugbank中药名、疾病名和常用词构造一个训练集，通过FCG方法对生成的药名词典进行去噪。

在命名实体识别中用到的训练集语料是DDIE－xtraction 2011评测的训练集语料（http：／／labda.inf.uc3m.es／DDIExtraction2011／dataset.html）。该语料是用于提取药物与药物之间的关系的。语料是XML格式，每个句子中的药名已经识别出，所以我们可以将此语料作为训练集。实验一是用该评测的测试集语料作为药名实体识别的测试集，以检验生成的药名词典的性能；实验二用Segura－Bedmar等［13］用的语料（http：／／labda.inf.uc3m.es／DrugDDI／DrugNer.html）作为测试集，以便与其方法进行比较；实验三中我们将DDIExtraction 2011评测的训练集和测试集共同作为药名实体识别的训练集，将Segura－Bedmar等用的语料作为测试集，以检验在增加训练集的情况下我们方法的性能是否有所提高。

3.2 实验结果

表2给出了实验一的结果，其中CRF和词典相结合的方法（即表中“CRF＋词典”项）是指将词典查找的结果作为特征加入到CRF中去。从表2中我们可以看到只用CRF的方法优于词典匹配的方法。因为词典匹配使用的算法是前向最大匹配和后向最大匹配，所以识别出来的很多实体都只是部分匹配。另外由于我们把词典中的每个实体都转化成了它的小写形式，这样就加入了一些噪音，例如，“THE”是一个药名的缩写，但是其小写形式“the”则只是英语中常用的定冠词。因此，词典匹配方法识别出的实体很多，但准确率和召回率却并不高。从表2我们看出CRF的效果优于词典匹配的方法，而CRF和词典相结合的方法又优于前两种方法，这充分说明词典在药名实体识别中具有一定的辅助作用，而且词典和CRF具有互补效果。

表2 本文中的方法在DDIExtraction 2011评测语料上的结果

表3显示了实验二和实验三的结果。此表中前3行是实验二的结果，该结果进一步验证了我们对上一个实验的分析。表3将我们的方法和Segura－Bedmar等的Stem方法进行了比较，所用的语料是Segurar－Bedma I.等在文献［13］用到的。这些方法的比较是在文献［13］中MMTx识别出的药名作为标准答案的基础上进行的。通过表3可以看出，我们所用的任何一个方法都比文献［13］中的Stem方法要好，这是因为Stem方法在一定程度上限制了药名的范围，有些药名并不包含给定的词干，对于这样的药名Stem方法就无法识别出。另外有些词包含给定的词干但它并不是药名，这样的词相对于前者比较少。

表3 本文中的方法在Segura－Bedmar等语料上的结果

除此之外，DDIExtraction 2011评测语料很有限，这也可能是影响性能的原因。于是我们做了第三个实验，将评测中的训练集和测试集一起作为药名实体识别的训练集。在第三个实验中，我们对CRF和CRF结合词典匹配两种方法进行了测试，结果如表3中的最后两行所示。从中我们可以看到，CRF和CRF结合词典匹配这两种方法在训练集增加的情况下，结果都有所提高，这证实了我们之前的推测。我们之所以没有在词典匹配方法上进行测试，是因为词典匹配方法用不到训练集，它只是以词典为基础在测试集上进行查找匹配。实际上这些方法的结果应该更好，因为训练集中存在一些错误，即有些非药名的词也被标注为药名，如“drug”、“n＝7”等。然而，对比表2和表3我们可以发现测试集不同时性能差别比较大，这主要是因为表2的训练集和测试集均是DDIExtraction 2011评测语料，它们来都自于Drugbank数据库，有着相似的分布；而表3中我们用到的测试集是从PUBMED摘要中选出的，训练集和表2实验中的一样，分布情况差别较大，因而会在性能上存在差别。

Segura－Bedmar等用Stem方法除了识别MMTx识别出的药名外，还对MMTx未识别出来的药名进行了识别，本文中我们的方法也对MMTx未识别出的药名进行了识别。表4列出了我们的方法和Stem方法的比较。因为在通常情况下训练集是有限的，所以此实验中我们用的训练集是DDIE－ xtraction 2011评测语料的训练集而没有加入评测的测试集。从表4中可以看出Stem方法在准确率上优于词典匹配方法和只用CRF的方法，因为Stem方法用的是词干，它使得两种药名之间的区别性更强。不过这两种方法识别出的药名总数多于Stem方法，因为我们构造的词典包含了很多数据库中所没有的药名，所以找出的药名数量比较大。由于CRF方法是根据词特征来进行识别的，它将具有某些特征的词均看作药名，因而识别出的药名数量更多。我们的另一种方法——CRF结合词典的方法不仅找到药名总数比Stem方法的多，而且在准确率上也比Stem方法好。然而它找出的药名总量少于CRF方法，这是因为在CRF的特征中加入了词典查找结果的特征，而此特征的加入增强了CRF的识别能力。对于数据库管理员来说，他们比较倾向于找到的药名多而准确率又高的方法，因此我们的方法比较有优势。

表4 MMTx之外的药名识别结果

4 总结和展望

药物相关研究不断出现，各种新药层出不穷，远远超出了维护人员对更新数据库的速度，这就迫切需要有一种自动提取药物信息的技术，本文提出一种基于特征耦合泛化的半监督学习技术，可以在很大程度上提高数据库维护人员手工检索的效率。通过上述实验的结果可以看出，用本文所描述的方法进行药名词典的生成，对药名实体识别有较好的效果。我们的方法除了识别出已有的药名外，还识别出了一些标准答案中所没有的药名，我们对其进行人工评测，准确率达到70%。

本文的工作还存在改进的地方，例如在词典去噪的时候，我们构造的训练集样本数量不足，加入更多的负例时词典的去噪结果会更好，在下一步工作中我们会尝试增加更多负例，例如，蛋白质名、基因名等，以进一步提高性能。

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