西藏牦牛12SrRNA基因全序列测定及系统进化关系
2013-11-30姜雪鸥钟金城
姜雪鸥,钟金城
(西南民族大学 动物遗传育种学国家民委-教育部重点实验室,四川 成都 610041)
动物线粒体基因组中通常含有2个rRNA、13个结构蛋白基因、22个tRNA和1个D-loop区[1]。按照母性遗传方式传代,其分子量小,拷贝数多,进化速度很快,碱基的替代率比单拷贝核DNA基因组快6~10倍。12SrRNA基因是在进化上比较保守,通常被用于系统发生和分子进化的研究[2]。
牦牛是牛属动物中唯一繁殖在青藏高原及其毗邻高寒牧区的牛种,一般生活在海拔3 000 m以上的高山、亚高山地区,对低氧、高寒等恶劣的环境具有很强的适应能力, 同时,该物种对于缺氧环境的适应能力具有很大的生态可塑性[3]。
本文以西藏11个牦牛品种为研究材料,首次对它们的mtDNA 12SrRNA基因全序列进行了测定及分析,并在11个群体内进行同源性比较和分子信息学的探讨,为今后深入研究牦牛线粒体基因的分子特征、种群结构等方面提供理论基础。
1 材料与方法
1.1 试验动物及血样采集
从11个西藏牦牛品种或类群中,随机选取健康成年牦牛110头,采集耳组织,75%乙醇保存,低温带回实验室,-80 ℃保存(牦牛的品种及数量见表1)。
1.2 酶和试剂
Tris-Base、氯仿、95%酒精、DNA Marker 2000、蛋白酶K、EDTA、硼酸、IPTG、饱和酚、X-gal、氨卞青霉素、琼脂粉等均购自大连宝(TakaRa)生物工程有限公司;动物基因组DNA凝胶回收试剂盒购自天根生化科技有限公司。
1.3 菌株和载体
大肠杆菌DH5α由成都天泰生命科技有限公司提供;pMD19-T Vector载体购自大连宝(TakaRa)生物有限公司。
1.4 基因组DNA提取及检验
采用的是常规的酚-氯仿法提取动物组织的基因组DNA[4],用1%~1.5%的琼脂糖凝胶电泳以及紫外分光光度计法双重检测DNA的浓度和纯度,并将所提DNA产物置于-20 ℃保存备用。……
