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荣昌猪C-Fos原癌基因克隆与序列分析

2013-11-22郑小波

中国兽医杂志 2013年5期
关键词:荣昌野猪试剂盒

卢 梅,孙 波,李 建,肖 榕,李 靖,郑小波

(西南大学荣昌校区动物医学系,重庆 荣昌402460)

原癌基因是细胞内与细胞增殖相关的基因,是维持机体正常生命活动所必须的,在进化上高度保守。原癌基因是细胞的正常基因,其表达产物对细胞的生理功能极其重要,当原癌基因的结构或调控区发生变异,基因产物增多或活性增强时,使细胞过度增殖,从而导致细胞癌变形成肿瘤。原癌基因种类很多,涉及到细胞信号传递的各个层次[1]。C-Fos是一种原癌基因,属于快速早期基因。其编码的Fos蛋白是真核细胞内调控因子,在信号传导过程中起重要作用。大量研究发现,C-Fos原癌基因及其蛋白不仅参与细胞的正常生长、分化过程,而且参与细胞内信息传递过程和细胞的能量代谢过程,在生命活动中起着极为基本而重要的作用[2]。

近年来,国内外对人、野猪、鼠等动物C-Fos基因及相关研究均有报道,并通过大量试验证明,在精子发生过程中,C-Fos在生殖细胞内呈现出阶段性和特异性表达,在生精细胞发育过程中起着重要调控作用[3]。荣昌猪C-Fos的研究少,本试验对其进行了克隆与序列分析,为进一步研究荣昌猪C-Fos基因的结构和功能提供理论依据,同时也为荣昌猪其他功能基因的研究提供可靠的分子内标。

1 材料与方法

1.1 材料 本试验所需的睾丸由荣昌畜牧局养殖场提供。EASYspin Plus组织/细胞RNA试剂盒、反转录试剂盒、PCR试剂盒、DL-2 000Marker、割胶回收试剂盒、质粒抽提试剂盒、E.coliDH5α、pMD18-T载体连接试剂盒等,购自宝生物工程(大连)有限公司。

1.2 方法

1.2.1 引物的设计与合成 根据GenBank上登录的 野 猪 C-Fos序 列 (AJ132510.1),使 用 Primer Primer5软件设计2对分段特异性引物P1、P2和P1′、P2′,这两对引物扩增的目的基因片段 C-Fos-1和C-Fos-2长度分别为827bp和718bp,引物序列如下:

① P1:5′-ATGATGTTCTCCGGCTTCAAC-3′

P2:5′-CTGGGAACAGGAAGTCATCAAA-3′

② P1′:5′-TCCGAAGGGAAAGGAATAAGAT-3′

P2′:5′-TTTTTTTCACAGGGCCAGC-3′

1.2.2 总RNA的提取 组织总RNA的抽提方法按试剂盒说明书操作。

1.2.3 cDNA的获取及RT-PCR 按反转录试剂盒说明操作,以荣昌猪睾丸总RNA为模板反转录为第一链cDNA,利用特异性引物进行PCR扩增荣昌猪的C-Fos原癌基因。将PCR产物进行1%琼脂糖凝胶电泳鉴定。

1.2.4 纯化回收、载体构建及阳性克隆筛选 按DNA胶回收试剂盒、质粒抽提试剂盒、pMD18-T载体连接试剂盒及其说明书操作。最后以1%琼脂糖凝胶电泳阳性鉴定。

1.2.5 序列测定及分析 将PCR检测为阳性的菌落扩大培养,保藏,并送TaKaRa公司测序,拼接。采用DNAman进行序列分析后,使用 MEGA5.03软件按NJ法构建系统进化树,Bootstrap值设为1 000。

2 结果

2.1 总RNA提取及鉴定 按照EASYspin Plus组织/细胞RNA快速提取试剂盒说明书操作提取荣昌猪睾丸组织总RNA。得到OD260/OD180为2.1,且电泳可见清晰的28s和18s条带,前者亮度约为后者两倍,说明提取的RNA比较完整且降解较少,符合用于反转录合成cDNA要求。结果如图1。

2.2 C-Fos的PCR扩增 用特异性引物以荣昌猪的总RNA为模板进行PCR扩增,在750bp上下各扩增出明显的单一条带,它与预期估计值827bp、718bp较为接近(图2)。

2.3 PCR鉴定阳性克隆 将纯化的C-Fos PCR产物与pMD18-T Vector连接,CaCl2法转化E.coliDH5α,LB/Amp固体培养基37℃培养12~14h,挑取单个菌落于LB/Amp液体培养基再培养6~7h,然后将菌液经PCR扩增鉴定阳性克隆,结果为阳性(图3)。

2.4 C-Fos碱基测序及分析 将经过PCR鉴定阳性的菌液送至TaKaRa公司进行双向测序,根据各序列的重叠区域进行拼接,得出全长为1 143bp,最终得到荣昌猪C-Fos ORF序列并上传至GenBank,获得序列号JX861095。将荣昌猪C-Fos序列与野猪(AJ132510.1),马 (XM _001491972.2),牛(AY322482.1),绵羊(NM_001166182.1),家猫(DQ288168.1),大熊猫(XM_002914704.1),人(NM_004469.4),黑猩猩(AB219119.1),猕猴(AB219121.1),大鼠(DQ089699.1),小鼠(NM_010234.2),家兔(XM_002714687.1),等 C-Fos用DNAman进行核酸同源性比对,结果显示,同源性分别为99.48%、95.20%、95.20%、94.14%、93.7%、94.14%、93.0%、93.10%、93.10%、88.58%、82.48%、88.58%。用MEGA 5.03按NJ法构建系统进化树(图4)。

3 讨论

研究发现C-Fos原癌基因表达有组织、细胞、阶段的特异性。在胚胎早期仅在胚胎外组织如羊膜和胎盘中表达。胚胎后期则出现在发育中的中枢神经系统、胚胎骨、软骨和牙齿生长区[4]。在成体器官中,C-Fos表达于巨噬细胞和粒细胞,另外还在生殖细胞中表达。但在其他大多数的细胞中,它的表达水平相对较低,需要通过刺激才能维持高表达[5,16]神经系统科学家认为,在神经元产生动作电位的时候经常表达[6]。C-Fos已经被证明与许多物质如酪蛋白激酶2[7],α1、B细胞淋巴瘤蛋白3抗体[8]、DNA 损伤诱导转录因子 3[9]、辅因子 BRCA1[10]、TATA 结合蛋白[11]、核受体辅活化因子1,2[12]、相关转录因子1,2[13]、c-jun[14]和 SMAD3[15]等相关。目前国内外对C-Fos的研究相对较少,对猪的研究更少。GenBank上登陆的C-Fos序列来自野猪,而荣昌猪作为中国四大地方猪种之一,却缺乏此方面的研究。本试验根据GenBank上登录的野猪CFos序列,用Primer Primer5软件进行分段设计引物。扩增出特异性片段后,经双向测序,获得两段序列。根据各序列的重叠区域进行拼接,得出全长为1 143bp,编码381个氨基酸,其起始密码子为ATG终止密码子为TGA。

图4 不同种C-Fos CDS序列构建NJ法系统进化树

将荣昌猪C-Fos与野猪、马、牛等进行分析比对,发现在这些种系中的Fos蛋白序列统一性为69.40%,而且在这些种系中的Fos均存在一个由88个完全相同的氨基酸顺序组成的区域。这个区域包括一个能与DNA结合的基本区和LZ结构。荣昌猪C-Fos的CDS序列与其他动物的CDS进行同源性分析比较,结果显示,其进化关系与基因水平一致,荣昌猪与野猪的同源性最高,与其他动物则较野猪的同源性相对较低。用 MEGA 5.03软件按NJ法构建系统进化树,结果显示,C-Fos在种间、种内的距离与宽度和重叠排列上都有所不同,相同的物种聚为一枝,且自展自持率均大于90%,大熊猫、猫、兔独立成枝与荣昌猪的亲缘关系更远。

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