人血管内皮生长因子的生物信息学分析
2013-09-10广东省信宜人民医院心内科广东信宜525300
梁 丕(广东省信宜人民医院心内科,广东 信宜 525300)
血管内皮生长因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF),又称血管通透因子(Vascular permeability factor,VPF)或血管调理素(Vasculotropin),是1989年Ferrara等从牛垂体滤泡星状细胞培养液中分离纯化的糖类蛋白质,后来在鼠垂体前叶肿瘤细胞系、鼠神经胶质瘤细胞、豚鼠瘤、人单核细胞等细胞培养液中也纯化出了VEGF蛋白[1]。VEGF是一个具有高度保守性,由两个相同亚基(Mr 23 000)以二硫键交联结合成的二聚体糖蛋白,主要作用于血管内皮细胞[2-3]。VEGF由某些肿瘤细胞分泌,通过与血管内皮上的相应受体结合促进内皮细胞增殖,同时可增加血管通透性使内皮细胞迁移,诱导肿瘤血管生成,维持肿瘤的继续生长,是目前发现的最强烈的血管生成因子,与肿瘤及非肿瘤的血管新生病理过程中密切相关,其与转化生长因子-β(TGF-β)、血小板源性生长因子(PDGF)、NO及一些重金属离子有关,还受缺血和缺氧环境的调节[4]。目前VEGF基因已先后从人、野猪、绵羊等多种动物中克隆出来,并通过分子遗传学方法证明了该基因在血管生成、重构、病变等过程中的重要作用,因此对VEGF的研究成为当前的热点课题。本文利用生物信息学工具和方法,以人VEGF分析为重点,对动物VEGF的核苷酸和氨基酸序列的特征,及其编码蛋白的理化性质、分子结构、生化功能和系统演化等进行预测分析,以期为深入探讨VEGF蛋白的酶学特性和血管生成的分子机制提供理论依据。
1 临床资料
VEGF的核苷酸和氨基酸序列来源于NCBI数据库,其中人VEGF的登录号依次为:GenBank Accession No.AY047581,GenPept accession no.AAK95847。
利用Vector NTI Suit 8、Clustal X、MEGA4.1β、Accelrys ViewerLite 5.0软件和www.ncbi.nlm.nih.gov、www.expasy.org等网站提供的各种在线生物信息学工具进行预测和分析。……
