(1)实验室的规划、布局和规模不到位。目前全国具有食品相关检验能力的技术机构有7000多家，多数隶属于卫生、农业、质检、粮食等部门，从业人数近16万人。因各部门分头建设，导致资源分散、重复建设、利用率不高。总体来看，我国第三方食品检测实验室缺乏科学统筹安排，实验室的结构设置不尽合理，存在不少缺项和遗漏，实验室的质量和层次远未能满足现有工作的需要。

(2)管理体制和机制不够灵活。目前，大多数实验室名义上相对独立，但实质上还是处于行政管理的体制之下。这种管理体制缺乏有效的激励机制和人员进出机制，好的人才引不进来或留不住的现象比较突出，在某种程度上制约了实验室的发展。另外，行政干预过多，必然导致效率相对低下，并且容易产生重点投资不足、重复投资等问题。

(3)市场营销能力、研发能力相对不足。目前，不少国内的食品实验室没有专门的市场开拓部门和人员，实验室所设立的部门往往都是根据所从事的具体检测工作而设立，有的实验室即使有部门去负责市场营销，但很少有专人去深入研究市场的拓展。从业务构成来看，特别是国有成分的实验室，所开展的大部分业务是法定职责附带而来。相比而言，国外的一些检测机构，以及个别的国内商业实验室，凭借其强有力的市场拓展能力，迅速地向整个食品供应链渗透，拥有了相当多的稳定客户群。此外，比较突出的一点就是，我们的实验室研发能力相对不足，不能满足检测市场的需要。

(4)质量意识、独立性和公正性有待提高。近年来，第三方食品检测实验室出现了不少检测质量事故，个别事故影响面非常广且造成严重后果，归根到底，还是实验室的质量意识不够强所致。