胰腺癌细胞中Runx3基因表达及甲基化的研究
2012-11-23邱志东范琳峰雷长江缪辉来
邱志东,范琳峰,雷长江,缪辉来
(广东医学院附属医院 肝胆外科,广东 湛江524001)
胰腺癌是一种恶性程度高,进展迅速,手术切除率低,预后极差的恶性肿瘤,本文从表观遗传学的角度研究Runx3基因在胰腺癌细胞中失表达的机制,以期为胰腺癌的早期诊断及新的治疗方案提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 材料
(1)细胞株:Panc-1、BxPC-3、AsPC-1三种胰腺癌细胞株(中国科学院上海生命科学研究院细胞资源中心);(2)主要试剂:DMEM 培养基、RPMI 1640培养基(美国Gibco公司),TRIZOL总RNA提取试剂盒、PrimeScript OneStep RT-PCR Kit Ver.2(大连宝生物公司)、One step sybr primescripttmrtpcr kitⅡ(大连宝生物公司),EZ DNA甲基化试剂盒-direct、Zymo Taqtm PreMix(美国 ZYMO RESEARCH公司),引物、内参(上海生物工程公司、大连宝生物公司),Western封闭液、一抗稀释液、二抗稀释液、一抗二抗去除液、鼠抗人GADPH抗体(碧云天生物技术研究所),小鼠抗人Runx3单克隆抗体(Santa Cruz Biotechnology)。
1.2 方法
(1)细胞培养。(2)RT-PCR检测 Runx3基因的表达:①癌细胞株及胰腺组织中RNA的抽提;②引物序列及产物长度:Runx3上游引物为5′-AGGCATTGCGCAGCTCAGCGGAGT-3′,Runx3 下游 引 物 为 5′-AGGCATTGCGCAGCTCAGCGGAGTA-3′,扩增长度为152bp,β-actin上游引物为 5′-TGGCACCCAGCACAATGAA-3′,β-actin下游引物 为 5′-CT AAGTCATAG TCCGCCTAGAAGCA-3′,扩增长度为186bp,引物均由上海生工合成,引物离心后用0.1%DEPC处理水稀释至所需浓度,-20℃保存;③参照TaKaRa公司的onestep RT-PCR Kit使用说明书进行RT-PCR;④琼脂糖凝胶电泳和图象分析。(3)Westren blotting:①样品制备;②蛋白定量;③SDS-PAGE电泳;④转膜;⑤封闭及抗原抗体反应;⑥化学发光显影、定影及图像分析。(4)甲基化特异PCR:①细胞计数;②贴壁细胞DNA提取;③正常胰腺组织中提取DNA;④引物设计及扩增长度,Runx3基因的甲基化特异性PCR引物用Methprimer软件设计,甲基化引 物 (M)上 游 为:5′-CGTCGGGTTAGCGAGGTTTC-3′,下游为:5′-GCCGCTACCG CGAAAAACGA-3′,扩增长度120bp;非甲基化引物(U)上游为:5′– GTGGGTGG TTGTTGGGTTAGT-3′,下游 引 物 为:5′-TCCTCAACCACCACTA CCACA-3′,扩增长度为138bp,引物均由上海生工合成。……
