申 欣, 田 美, 孟学平, 程汉良, 李士虎

(淮海工学院 海洋学院, 江苏 连云港 222005)

与单个基因或者基因的片段相比, 线粒体基因组是一个完整的体系, 具有信息量丰富和系统发育树结构稳定等优点, 在过去的十几年间已被广泛应用于后生动物分子系统演化和种群遗传的研究[1-2]。尾索动物隶属于脊索动物门(Chordata)、尾索动物亚门(Tunicata或者Urochordata), 为海洋生境中所特有的生物类群, 广泛栖息于世界各大海洋中, 从潮间带至深海均有分布。由于尾索动物在后生动物进化中处于特殊的关键位置, 其在免疫学、胚胎发育学、细胞学等各个学科领域对研究脊椎动物的起源与系统发育都有着不可取代的作用[3-4]。在GenBank线粒体基因组的数据库中, 目前有12个尾索动物的线粒体基因组全序列。作者在12个尾索动物线粒体基因组研究的基础上, 全面分析此类群线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力、变异位点和分子系统发育等。

1 材料和方法

1.1 数据获取

从GenBank线粒体基因组数据库中检索、下载得到12个尾索动物线粒体基因组全序列。分别是隶属于海鞘纲(Ascidiacea)、内性目(Enterogona)的灯泡簇海鞘(Clavelina lepadiformis)、群体海鞘(Diplosoma listerianum)、胃海鞘(Aplidium conicum)、黑色次口海鞘(Phallusia fumigata)、具疣次口海鞘(Phallusia mammilata)、玻璃海鞘(Ciona intestinalis)和萨氏海鞘(Ciona savignyi), 褶鳃目(Stolidobranchia)的真海鞘(Halocynthia roretzi)、莫马斯赫海鞘(Herdmania momus)、小海鞘(Microcosmus sulcatus)和皱瘤海鞘(Styela plicata)以及樽海鞘纲(Thaliacea)的樽海鞘(Doliolum nationalis)[5-11]。

1.2 选择压力分析

为了检验选择压力对于尾索动物(以玻璃海鞘属为代表)线粒体基因组的影响, 通过 Clustal X[12]对线粒体基因组蛋白质编码基因的核苷酸序列进行多重序列比对。……