奶粉基因组DNA不同提取方法的比较
2012-09-04徐伟丽
徐伟丽,马 莺
(哈尔滨工业大学食品科学与工程学院,150090哈尔滨)
近年来,分子生物学技术已成功用于物种鉴别,其中的聚合酶链式反应(PCR)技术更是广泛应用于食品原料物种鉴别、饲料中动物源性成分的鉴别和掺伪检验.核酸分子是PCR技术应用的主要对象,所以,DNA的分离与提取是该项技术的重要前提[1-4].反刍动物奶中含有体细胞(包括白细胞和乳腺上皮细胞).有研究表明,这些细胞可以作为DNA来源用于PCR扩增特定靶序列的区别动物物种[5-9].目前,对于植物和动物组织全基因组DNA的提取方法已有不少研究和报道[10-19].奶粉不同于一般的植物和动物组织材料,适宜的提取方法也不同.能够更有效地提取更高质量的奶粉基因组DNA方法的筛选,是一个需要进一步探讨的问题.
目前关于奶粉中全基因DNA的提取国外尚无报道,国内仅有岳巧云等[20]采用 Plant DNA Wizard纯化试剂盒(Promega公司)提取奶粉中的基因组DNA用于实时荧光PCR法对奶粉中的豆粉进行检测.此方法具有费用高、费时、对操作技能有较高要求等缺点,因此,需要发展简单、快速、成本低的奶粉基因组DNA提取方法.而采用不同方法提取奶粉基因组DNA的比较研究目前国内外尚无报道.本实验选择热解法、异丙醇沉淀法、CTAB(cetyl-trimethyl-ammonium bromide,十六烷基三甲基溴化铵)法、SDS(sodium dodecyl sulphate,十二烷基硫酸钠)法和高盐低pH值法、异硫氰酸胍法6种方法,以市售奶粉为材料,进行基因组DNA提取,通过提取效果比较,探讨适用于奶粉的基因组DNA提取方法.为乳品安全中利用PCR技术进行快速检测找到简单、稳定、优质的DNA提取方法.
1 实验
1.1 实验材料
全脂奶粉购于超市,于阴凉干燥处储存备用.开封后分装,于4℃保存.
1.2 试剂
Tris Base、EDTANa2、SDS、CTAB、异硫氰酸胍、Triton X-100、Tris平衡酚、琼脂糖 G-10、氯仿、异戊醇、异丙醇、乙醇及PCR试剂均购于哈尔滨宝泰克生物科技有限公司.
1.3 主要仪器
TGL-16G型台式离心机、DK-80型电热恒温水槽、WFZ UV-2100型紫外可见分光光度计、DYY-10型(ECP3000)三恒电泳仪、TAKARA TP600 PCR仪、Bio-RAD Universal HoodⅡ凝胶成像仪和电脑750 W微波炉均为本实验室仪器.
1.4 引物
参照文献[21]合成扩增牛12SrRNA基因设计特异性引物cow-1:5'-CTAGAGGAGCCTGTTCTATAAT-CGATAA-3';cow-2:5'-AAATAGGGTTAGATGCACT-GAATCTAT-3',扩增产物 344 bp,引物由南京金斯瑞生物科技有限公司合成.
1.5 DNA提取方法
热解法、异丙醇沉淀法、CTAB法、SDS法、高盐低pH法、异硫氰酸胍法的具体步骤见文献[1,3].
1.6 基因组DNA纯度和质量浓度检测
[1,3]进行检测.根据ρ(DNA)/(mg·L-1)=50×D(260nm)×501计算DNA质量浓度;根据D(260nm)/D(280nm)和D(260nm)/D(230nm)判断DNA的大致纯度.
1.7 琼脂糖凝胶电泳检测
5μL 基因组 DNA与1μL6×Loading Buffer混匀,点样,1.0% 琼脂糖凝胶电泳(100V,30min),紫外凝胶成像仪观察电泳胶板并拍照.
1.8 基因组DNA用于PCR扩增的适应性检测
参考文献[1-4]的反应体系和条件.用1.7%的琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物.
2 实验结果
2.1 奶粉基因组DNA质量浓度和纯度检测结果
奶粉中基因组DNA的提取结果见表1.可以看出:DNA质量浓度最大的为SDS法(495.833mg/L);其次为异丙醇沉淀法和热解法,分别为302.083和231.250mg/L.高盐低pH法和CTAB法提取的DNA质量浓度最低,分别为31.250和29.167 mg/L.提取得到的DNA的D(260nm)/D(280nm)范围为1.65~1.87,较为理想;若偏高,表明有RNA污染;若偏低,则表明有蛋白或苯酚污染,接近1.80效果最好[22-23].表中数据也表明CTAB法和异丙醇沉淀法提取的基因组DNA的纯度较高,其他4种方法均较低.因此,也不能排除由于杂质的影响而使DNA质量浓度的测量结果偏大的可能.
表1 奶粉基因组DNA的质量浓度和纯度
2.2 奶粉基因组DNA的琼脂糖电泳检测结果
奶粉基因组DNA的质量浓度和纯度进一步采用1.0%的琼脂糖凝胶电泳进行检测,结果见图1.CTAB法提取的奶粉基因组DNA谱带单一,无碎片和连片;重复试验的DNA条带迁移率一致,说明此方法具有较好的稳定性以及此法提取的基因组DNA完整性好.其他5种方法提取的基因组DNA在凝胶上没有出现谱带,其可能原因:一是DNA质量浓度较低;二是没有提取到DNA.
2.3 PCR扩增结果
奶粉基因组DNA的PCR反应结果见图2.结果显示,PCR产物的量不取决于DNA的质量浓度,而是取决于DNA的提取方法.异丙醇沉淀法和SDS法提取的DNA质量浓度较高,却不能得到满意的PCR扩增产物.其他4种方法提取的基因组DNA样品的PCR扩增片段大小与预期一致,且重复性好.说明这4种方法提取的基因组DNA可以直接用于牛特异性片段的PCR扩增.因此,认为这4种方法提取的奶粉基因组DNA均适用于PCR检测.其中热解法和CTAB法特异性条带更清晰,效果更好.
图1 奶粉基因组DNA琼脂糖凝胶电泳
图2 牛特异性引物扩增产物的琼脂糖凝胶电泳
3 讨论
PCR技术以及建立在PCR基础上的分子标记技术,能以微观的视角解释其他技术现在无法解决的问题.但是,由于PCR扩增对模板DNA的质量要求较高,DNA质量是影响分子实验结果的关键因素之一[1-4,18-19].
在提取奶粉基因组DNA的过程中要注意:奶粉开封后阴凉干燥处保存,避免杂菌污染和吸湿结块;奶粉在进行去蛋白步骤时,颠倒混匀要充分(保持一段时间),以增加抽提效果;水浴加热时要使管盖高出水面并保持一定的高度,避免Eppordorf管炸开,污染样品.
4 结论
1)奶粉中的DNA含量很少,这6种方法获得的提取物中均有蛋白质污染.
2)热解法、CTAB法、高盐低pH法和异硫氰酸胍法提取的奶粉基因组DNA均适用于PCR检测.综合考虑基因组DNA的纯度和质量浓度,认为这4种方法的优劣依次为:热解法、异硫氰酸胍法、高盐低pH法和CTAB法.
3)这4种奶粉基因组DNA提取方法均具有操作简便、省时、利于快速检测等优点.可以根据具体的实验条件和要求选择相应的DNA提取方法.
参考文献:
[1]徐伟丽,马莺,汪家琦,等.大米基因组DNA不同提取方法的比较[J].江苏农业科学,2011(6):46-49.
[2]徐伟丽,杜明,王文侠,等.熟豆浆基因组DNA提取方法的优化[J].2010年国际细胞生物学、生物学、生物工程会议,2010,6:247-251.
[3]徐伟丽,马莺,杜明,等.豆粉基因组DNA不同提取方法的比较[J].中国农学通报,2011,27(23):119-122.
[4]徐伟丽,杜明,马莺,等.生豆浆基因组DNA不同提取方法的比较[J].安徽农业科学,2011,39(20):12013-12015,12017.
[5]LIPKIN E,SHALOM A,KHATIB H,et al.Milk as a source of deoxyribonucleic acid and as a substrate for the polymerase chain reaction[J].J Dairy Sci,1993,76(7):2025-2032.
[6]AMILLS M,FRANCINO O,JANSA M,et al.Isolation of genomic DNA from milk samples by using Chelex resin[J].J Dairy Res,1997,64(2):231-238.
[7]MAUDET C,TABERLET P.Detection of cows’milk in goats’cheeses inferred from mitochondrial DNA polymorphism[J].J Dairy Res,2001,68(2):229-235.
[8]BAI Wenlin,YIN Ronghuan,ZHAO Sujun,et al.Rapid detection of bovine milk in yak milk using a polymerase chain reaction technique[J].J Dairy Sci,2009,92(4):1354-1360.
[9] LÓPEZ-CALLEJA I,GONZÁLEZ I,FAJARDO V,et al.Rapid detection of cows’ milk in sheeps’ and goats’milk by a species-specific polymerase chain reaction technique[J].J Dairy Sci,2004,87(9):2839-2845.
[10]OARD J H,DRONAVALLI S.Rapid isolation of rice and maize DNA for analysis by random-primer[J].Plant Mol Biol Rep,1992,10:234-241.
[11]王景雪,孙毅,高武军.一种简便实用的植物总DNA提取方法[J].山西大学学报,2000,23(3):271-272.
[12]邵碧英,陈文炳,李寿菘,等.转基因花卉的DNA提取与多重 PCR分析[J].厦门大学学报,2002,41(5):674-678.
[13]彭锁堂,颜启传,王学德,等.水稻单粒种子DNA提取及RAPD程序优化研究[J].上海交通大学学报:农业科学版,2002,20(1):34 -41.
[14]KIM C S.Simple and rapid method for isolation of hign quality genomic DNA from fruit trees and conifers using PVP[J].Nucleic Acid Res,1997,25:1085-1086.
[15]COUCH J A,FRITZ P J.Isolation of DNA from plants high in polyphenolics[J].Plant Mol Biol Rep,1990,8(1):8-12.
[16]PICH U,SCHUBERT I.Minipreparation method for isolation of DNA from plants with a high content of polyphenolics[J].Nucleic Acids Research,1993,1(14):3328-3332.
[17]ZIDANI S,FERCHICHI A,CHAIEB M.Genomic DNA extraction method from pearl millet(Pennisetum glaucum)leaves[J].African Journal of Biotechnology,2005,4(8):862-866.
[18]BERENDZEN K,SEARLE I,RAVENSCROFT D,et al.A protocol for rapid DNA extraction from arabidopsis thaliana for PCR analysis[J].Plant Molecular Biology Reporter,2004,22:49 -52.
[19]沈洁,罗安才.提取蕨类植物 DNA方法比较[J].安徽农业科学,2010,38(4):1738 -1740.
[20]岳巧云,陈定虎,伍朝晖,等.实时荧光PCR在鉴别奶粉中掺入大豆成分的应用研究[J].食品科学,2009,30(12):190-193.
[21]LOPEZ-CALLEJA I,GONZALEZ A I,FAJARDO V,et al.PCR detection of cows’milk in water buffalo milkand mozzarella cheese[J].International Dairy Journal,2005(15):1122 -1129.
[22]王敏强,王斌,刘晓玲.保存温度与时间对动物组织DNA提取质量的影响[J].安徽农业科学,2009,37(33):16407-16409.
[23]徐伟丽,杜明,李启明,等.动物肌肉组织基因组DNA两种提取方法的比较[J].食品工业科技,2011,32(12):81-84.