高跃东, 黄京飞

(1. 中国科学院昆明动物研究所 遗传资源与进化国家重点实验室, 云南 昆明 650223 2. 中国科学院研究生院, 北京 100049;3. 中国科学院昆明动物研究所－香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室, 云南 昆明 650223)

Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用：残基水平非键相互作用能量的自动批量计算

高跃东1,2, 黄京飞1,3,*

(1. 中国科学院昆明动物研究所 遗传资源与进化国家重点实验室, 云南 昆明 650223 2. 中国科学院研究生院, 北京 100049;3. 中国科学院昆明动物研究所－香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室, 云南 昆明 650223)

非键相互作用对于生物体系中的分子识别和结合过程起着关键作用。然而, 传统的方法并不能在残基水平自动批量计算非键相互作用。近年来, 已经发展了一些方法和工具进行非键相互作用的计算分析。该文研究发展了一种可以自动计算残基间非键相互作用的方法, 即用Perl脚本调用Discovery Studio 2.0 (DS2.0, Accelrys Inc.) 底层模块中的非键相互作用协议, 实现了直接利用命令行批量计算非键相互作用能量, 而无需通过DS2.0的图形界面。该方法扩展了DS2.0的计算模块, 并于近期运用到了复合结构的研究分析中。

非键相互作用；模块扩展; Discovery Studio 2.0

在生物分子体系中, 除了共价键外还存在许多非键相互作用，涉及生命活动的许多方面。非键相互作用在生物分子结构的稳定性方面起着重要作用, 例如在蛋白与DNA、蛋白与RNA分子复合物体系中, 非键相互作用是维持复合物结构稳定性的主要因素。另外, 它们在生物分子识别、离子载体的选择性、分子组装、分子簇形成等方面也都起着关键作用(McCullagh et al, 2008)。……