谭凤霞，叶 聪 (长江大学动物科学学院， 湖北 荆州 434025)

基于16S rDNA序列的2株气单胞菌属细菌的分子鉴定

谭凤霞，叶 聪 (长江大学动物科学学院， 湖北 荆州 434025)

对分离自患病鲫鱼的2株气单胞菌的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列，通过NCBI的BLAST查找同源序列，应用MegAlign采用Jotun Hein、ClustalV以及ClustalW 3种方法分别进行序列比对，并利用Mega4.0软件采用邻接法(N-J)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树。3种序列比对结果显示，Aeromonassp.T1与Aeromonassp.T2序列具有较高的相似度，分别为97.5%(Jotun Hein)、96%(ClustalV)、96.4%(ClustalW)；Aeromonassp.T1与Genebank登录号为HM778461.1序列相似度最高，分别为97.1%(Jotun Hein)、93.8%(ClustalV)、94.5%(ClustalW)；Aeromonassp.T2与同样与Genebank登录号为HM778461.1序列相似度最高，分别为97.7%(Jotun Hein)、95.3%(ClustalV)、96.8%(ClustalW)。4种方法构建的系统发育树基本一致，可初步确立2株菌株的分类地位：Aeromonassp.T1、Aeromonassp.T2与登录号为HM127065.1的菌株的聚为一类，亲缘关系最近。

气单胞菌(Aeromonas)；16S rDNA；分子鉴定

气单胞菌属(Aeromonas)曾与弧菌属(Vibrio)、原细菌属(Protobacterium)和邻单胞菌属(Plesiomonas)被归入弧菌科(Vibrionaseae)[1]。随着现代分子遗传学的发展，以往被归类为弧菌科的气单胞菌属划为一个独立的科，即气单胞菌科。到目前为止该项包括：嗜水气单胞菌(Aeromonashydrophila)、豚鼠气单胞菌(Aeromonascaviae)、温和气单胞菌(Aeromonassobria)、维隆气单胞菌(Aeromonasveronii)、杀鲑气单胞菌(Aeromonassalmonicida)、中间气单胞菌(Aeromonasmedia)、嗜矿泉气单胞菌(Aeromonaseucrenophila)、简氏气单胞菌(Aeromonasjandaei)、鳗鱼气单胞菌(Aeromonasichthiosmia)、舒氏气单胞菌(Aermonasschubertii)、尺骨气单胞菌(Aeromonastrota)、气单胞菌群501、异常嗜糖气单胞菌(Aeromonasallosaccharophila)和斑点气单胞菌(Aeromonaspunctata)共14 个气单胞菌表型种和16个基因种[1,2]。

细菌分类鉴定方法包括表型鉴定法和分子遗传学鉴定法2大类，分成4个水平细菌形态和生理生化水平、细胞组分水平、蛋白质水平和核酸水平。表型鉴定法是对前3个水平的鉴定，包括常规鉴定法、数值分类鉴定法和化学分类鉴定法[3]。……