刘海灿 万康林

目前,随着结核分枝杆菌 (M ycobacterium tuberculosis,M.tubercu losis)H 37Rv、CDC1551、H 37Ra、F11和KZN 1435等菌株全基因组测序工作的完成,以及新一代核酸测序技术的飞速发展,使得结核分枝杆菌研究进入新阶段,即可以从基因组水平对其进行更深入的研究[1～3]。近年来,有许多从基因水平研究结核分枝杆的菌种鉴定、菌株分型、分子进化以及药物敏感性检测等的文献报道[4～10]。本文将就结核分枝杆菌基因组单核苷酸多态性 (single nuc leotide po lymorphism s,SNP)的鉴定、检测方法及其应用研究进行综述。

SNP主要是指基因组水平上由单个核苷酸变异引起的基因组DNA序列多态性,这种多态性包括单个碱基的转换 (transition)、颠换 (transversion)、插入(insertion)和缺失 (deletion)等 4种形式,但研究中通常认为 SNP仅包括转换和颠换两种形式。SNP可位于基因组的基因编码区、非基因编码区和基因间隔区,如果 SNP发生在基因编码区,但未造成基因编码的氨基酸序列改变,称为同义 (synonymous)SNP,若造成基因编码的氨基酸序列改变或肽链被提前终止,则称为非同义(non-synonymous)SNP。

一、结核分枝杆菌基因组 SNP的鉴定方法

结核分枝杆菌基因组 SNP有多种鉴定方法,但依据其基本原理可分为两大类:一类是DNA测序相关方法,主要有全基因组测序和目的基因片段测序两种;另一类是基于 PCR扩增的非DNA测序方法,如实时定量 PCR(real-tim e PCR,RT-PCR)、PCR限制性片段长度多态 (PCR-RLFP)、PCR单链构象多态(PCR-SSCP)、基因芯片(基因探针)检测等。

1.基于DNA测序分析的 SNP鉴定方法:(1)全基因基组测序分析:随着核酸测序技术的飞速发展,全基因组测序所需时间和经济成本不断降低,完成全基因组测序的微生物菌株越来越多,使得我们能够从全基因组水平研究和分析不同菌株间的差异以及其生物学意义。……