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大花无柱兰遗传多样性的SRAP标记分析

2019-12-19周梦莹唐露静黄檬檬徐佳璐鲁锴杰朱欣蒋明

浙江大学学报(理学版) 2019年6期
关键词:居群大花多态性

周梦莹,唐露静,黄檬檬,徐佳璐,鲁锴杰,朱欣,蒋明

(台州学院生命科学学院,浙江台州 318000)

大花无柱兰(Amitostigma pinguiculum)隶属于兰科(Orchidaceae)无柱兰属,为浙江特有种,主要分布在温州、金华、丽水和台州等地,通常生长在海拔250~400 m的潮湿且有覆土的岩石上或沟边草丛中,入国家Ⅱ级保护植物名录[1-2]。大花无柱兰为多年生草本植物,花型奇特、花色艳丽、姿态优美,具有很高的观赏价值,可用于盆栽、片植或点缀假山(见图1);大花无柱兰的块茎、全草均可入药,具有活血化瘀和解毒消肿等功效[1]。近年来,由于山地开发、生境破坏和过度采挖等,大花无柱兰的植株数量急剧减少。大花无柱兰对生存环境的要求较高,繁殖能力较弱,根据笔者多年的野外观察和调查,该植物在部分地区已绝迹。大花无柱兰已列入《野生动植物濒危物种国际贸易公约》,该物种亟待研究和保护[2]。

图1 大花无柱兰及其生境Fig.1 Amitostigma pinguiculum and its habitat

近年来,分子生物学技术发展迅速,分子标记技术日新月异。限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)、扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)和相关序列扩增多态性(sequence related amplified polymorphism,SRAP)等已广泛应用于遗传多样性分析和种质资源鉴定等[3]。每种标记都有各自的优缺点,其中SRAP具有操作简便、结果稳定和多态性丰富等特点。基因外显子的G/C含量通常十分丰富,而非编码区序列,如启动子与内含子中A/T碱基较多,根据外显子的特点开发特定的SRAP引物用于扩增特定的片段[4-5]。SRAP分子标记已成功应用于马铃薯(Solanum tuberosum)、玉米(Zea mays)、甜瓜(Cucumis melo)、芒果(Mangifera indica)、茄子(Solanum melongena)等植物的遗传多样性研究[6-9]。目前尚无见有关大花无柱兰遗传多样性研究的报道。本研究采用SRAP分子标记技术,对10个居群的115份大花无柱兰材料的基因组DNA进行PCR扩增,并进行遗传多样性分析,旨在为该物种的保护和合理利用提供依据。

1 材料与方法

1.1 材料

大花无柱兰实验材料分别采集自温州雁荡山、台州天台山、宁海逐步和金华方岩山等10个样地,共有样品115份(见表1)。采样时遵循随机原则,同一居群不同样点的间隔均在10 m以上。取新鲜、健康的叶片置于自封袋中,带回实验室后用大量的无菌水冲洗,晾干后置于-80℃超低温冰箱中保存备用。

1.2 方法

1.2.1 叶片DNA的提取

称取0.1 g叶片放置在预冷的无菌研钵中,加入适量液氮用研棒磨成粉末。根据北京鼎国昌盛生物技术有限责任公司的“新型植物基因组DNA快速提取试剂盒”的说明书提取DNA。

1.2.2 SRAP引物的筛选及PCR扩增

利用81对引物组合,对DNA样品进行PCR扩增与分析,筛选出多态性好、重复性高的引物组合。PCR反应采用优化后的体系(20 μL):15.3 μL ddH2O、2.0 μL 10×缓冲液 、0.5 μL dNTPs(10mmol·L-1)、上游与下游引物各0.5 μL(20 μmol·L-1)、30 ng模板 DNA和0.4 μLTaqDNA聚合酶(2 U·μL-1)。PCR程序如下:94℃预变性5 min;94℃变性 1 min,35℃退火 1 min,72℃延伸 1 min,共 5个循环;然后94℃处理1 min,52℃退火1 min,72℃延伸1 min,总共 35个循环;72℃延伸 10 min;PCR样品保存于4℃冰箱备用。产物全部用于电泳,电泳在1%的琼脂糖凝胶上进行,电泳45 min(电压125 V、电流55 mA)后在凝胶成像系统上拍照记录。

表1 大花无柱兰10个居群的基本信息Table1 Sampling information of ten Amitostigma pinguiculum populations

1.2.3 数据分析

根据电泳结果统计条带数目,将强带或可分辨的弱带赋值“1”,其余赋值“0”,构建 0/1矩阵。利用PopGen 32软件进行数据分析,计算多态性条带比率(percentage of polymorphic loci,PPB)、Nei's基因多样性指数(H)、Shannon's指数(I)、遗传距离(D)、遗传一致性、总的居群基因多样性(Ht)、居群间基因分化度(Gst)和基因流(Nm)。采用Ntsys 2.0软件构建聚类分析图,参数采用默认值。

2 结果与分析

2.1 SRAP引物筛选及PCR扩增结果

引物筛选结果表明,共有9对引物可扩增出多态性丰富、重复性高、稳定性好的条带(见表2)。利用这9个引物组合对115份DNA样品进行SRAPPCR扩增,共得到305条谱带,片段大小主要在100~2 000 bp(见图2)。这些谱带均为多态性条带,PPB为100%。引物组合扩增得到的条带数在25~42,平均 33.89条;其中,ME5/em4组合扩增的条带最多,其次为ME9/em8(40条),ME1/em5组合最少。扩增的条带清晰且多态性丰富。

2.2 遗传多样性分析

在物种水平上,大花无柱兰的多态性比率(PPB)为100%,Nei's基因多样性指数(H)为0.209 8,Shannon's指数(I)为0.340 2;在居群水平上,PPB在24.59%~52.13%,平均为32.00%,其中HY的多态性最高,TT的多态性最低。H值在0.079 6~0.165 5,平均为0.100 9;I值在 0.120 9~0.252 3,平均为0.153 7。各居群H和I值的大小与PPB的高低大体一致,HY和FY 2个居群的大花无柱兰具有较高的遗传多样性,而TT、XS和YD 3个居群的遗传多样性较低。

表2 SRAP引物序列及扩增结果Table2 SRAP primer sequences and the results of amplification

图2 引物组合ME1/em5对部分大花无柱兰样品的SRAP扩增图谱Fig.2 SRAP amplification profiles of some Amitostigma pinguiculum samples with primer combination ME1/em5

2.3 不同居群的遗传分化

根据PopGen 32软件的计算结果,大花无柱兰总的居群基因多样性(Ht)为0.210 7,居群间基因分化度(Gst)为0.520 9,基因流(Nm)为0.459 9。根据居群间基因分化度估算,52.09%的遗传变异来自居群间,而47.91%的遗传变异源自居群内,居群内的遗传分化程度略低于居群间。

2.4 聚类分析

基于0/1矩阵,利用PopGen 32计算大花无柱兰各居群之间的遗传距离与遗传一致性,结果表明,各居群的遗传距离为0.091 9~0.198 4,平均为0.145 9;遗传一致性为0.823 1~0.912 2,平均为0.867 5。HY和YD之间的遗传距离最大,其次是HY与ZB,遗传距离最小的是居群KC和LT(见表3)。遗传一致性最低的是HY和YD,其次是HY和ZB,遗传一致性最高的是KC和LT,遗传距离和遗传一致性两者的表现规律一致。

由Nei's遗传一致性,用非加权配对类平均(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGAM)法进行聚类分析。结果表明,10个居群的大花无柱兰可分为3组,第1组包括布袋山、方岩山、括苍山、兰田、藤岭、天台山、西山和逐步8个居群;第2组仅雁荡山1个居群;第3组仅划岩山1个居群。第1组又可分为4个亚组,其中第1亚组包括布袋山和方岩山,第2亚组包括括苍山和兰田,第3亚组仅为藤岭,第4亚组包括天台山和西山(见图3)。除方岩山外,聚为同一类的居群在地理位置上较近,说明地理分布与亲缘关系的相关性较为显著。

表3 大花无柱兰10个居群的遗传距离与Nei's遗传一致性Table3 Genetic distance and Nei's genetic identity of ten Amitostigma pinguiculum populations

图3 基于遗传一致性的UPGAM聚类图Fig.3 UPGAM dendrogram of Amitostigma pinguiculum based on genetic identity

3 讨 论

我国是一个植物资源丰富的国家,但野生植物的保护没有引起足够的重视,生物多样性正面临严重威胁[10-11]。前人的研究结果表明,特有种或濒危物种的遗传变异水平通常比广布种低[10,12-15];但近年来有不少报道表明,部分濒危物种或特有种具有较高的遗传多样性水平[12,16-17]。衡量遗传多样性的高低可以用PPB作为指标,其值越大,多样性越高[18]。谢国文等[14]利用ISSR分子标记技术研究永瓣藤(Monimopetalum chinense)的遗传多样性,发现永瓣藤的PPB仅为39.2%,其遗传多样性水平较低;汪小全等[15]发现银杉(Cathaya argyrophylla)的PPB仅为32%,认为银杉濒危的原因之一是低水平的遗传多样性。而刘丹等[17]对中国特有植物鹅掌楸(Liriodendron chinense)进行RAPD分析的结果表明,该物种的PPB高达88.98%,表明其具有较高的遗传多样性,推测濒危的原因是生殖隔离。本研究利用SRAP分子标记技术对10个居群的大花无柱兰进行分析,在物种水平上其PPB为100%,H为0.209 8,I为0.340 2,多样性指数均处于较高水平,表明大花无柱兰具有丰富的遗传多样性。

大花无柱兰居群间的基因分化度(Gst)为0.520 9,远高于多年生草本植物(0.233)、特有种(0.248)和狭域种(0.242),表明大花无柱兰在居群内和居群间均出现了较高水平的遗传分化,其中有52.09%的遗传变异存在于居群间,47.91%的遗传变异存在于居群内,与王静等[19]研究的濒危植物连香树(Cercidiphyllum japonicum)的结果相似。根据估算值的大小,基因流(Nm)分为高、中、低3个水平,而种群间的遗传分化与Nm值呈负相关关系,高水平的基因流可以阻止居群之间的遗传分化[20-21]。大花无柱兰的Nm值为0.459 9,略小于0.5,基因流呈中等水平,可能不足以抵抗居群内因遗传漂变引起的遗传分化,推测有限的基因流可能导致其较高的遗传分化水平。HAMRICK等[22]指出,异交和接触性传粉是植物保持较高遗传多样性的重要原因,大花无柱兰具有较高水平的遗传多样性可能与此有关。大花无柱兰的花朵具备引诱昆虫的特征,在无柱兰属中花型最大,且花色艳丽、形状奇特,推测对传粉昆虫具有较大的吸引力[1]。大花无柱兰具有较高的遗传多样性和遗传变异性,但植株数量很少,除人为采挖外,推测与大花无柱兰对生境变化较为敏感有关。

4 结 论

以珍稀植物大花无柱兰为材料,利用9个引物组合,共获得305条谱带。在物种水平上,多态性比率(PPB)为100%,Nei's基因多样性指数(H)为0.209 8,Shannon's指数(I)为0.340 2;在居群水平上,PPB为24.59%~52.13%,H为0.079 6~0.165 5,I为0.120 9~0.252 3。居群基因分化度(Gst)为0.520 9,基因流(Nm)为0.459 9,遗 传 距 离为0.091 9~0.198 4。大花无柱兰的遗传多样性较为丰富,居群间存在一定的遗传分化和基因交流,可采用就地保护和人工栽培等方式对该物种进行保护。

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