据2017年3月1日《中国科学报》报道，由于生长缓慢及过度捕捞，蓝鳍金枪鱼种群数量急剧下降，已经进入濒危物种名录。数据显示，太平洋蓝鳍金枪鱼在1961年的成鱼资源量约有16×105t，而到2014年只有约1.7×104t，而现在捕捞到的多是幼鱼。

蓝鳍金枪鱼是海洋生态系统中食物链上的重要一环，它吃一些小的鱼类和甲壳类动物。如果它最终灭绝，相关海域的生态平衡可能遭到破坏。专业人士认为，蓝鳍金枪鱼的命运比“易危”等级的中国大熊猫更不容乐观。

世界自然基金会约翰·坦策说，蓝鳍金枪鱼变成“濒危”的主要原因是在经济利益刺激下日本渔船的滥捕，捕捞量远超国际协商的配额。日本广播协会(NHK)指出，日本捕捞蓝鳍金枪鱼存在三大问题：①大量捕捞幼鱼；②在产卵地集中捕捞；③日本政府对捕捞几乎没有限制。