梭梭qRT-PCR 内参基因的筛选及稳定性分析
2024-01-13张玲玲王淑冉
张玲玲 ,王淑冉 ,张 胜,2*
(1 西北农林科技大学 林学院,陕西杨凌 712100;2 新疆大学 生命科学与技术学院,乌鲁木齐 830046)
实时定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)是一种利用荧光信号积累,通过内参法或外参法分析样品中mRNA 转录水平的分子技术。qRT-PCR 具有特异性高、重复性好、灵敏度高等优点,弥补了传统PCR 技术的一些局限性,在生命科学研究中被广泛应用[1-3]。但qRT-PCR 结果受样本所处环境或不同生长发育阶段以及RNA 质量浓度和酶诱导反应效率影响,使qRT-PCR 的准确性出现偏差,导致结果不可靠[4]。在试验中加入适当的内参基因为对照,使基因的表达水平标准化,可最大程度避免误差[5-6]。
理想状态下,内参基因不受各种条件的限制,表达水平较为稳定[7]。在植物学研究中,常采用在组织中较稳定的基因作为内参使用,如甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)[8-9]、18S 核糖体RNA(18S rRNA)[10]、泛素结合酶(UBC)[11]、β-微管蛋白(TUB)[9,11]、肌动蛋白(ACT)[10]、α-微管蛋白(TUA)[9]、蛋白磷酸酶2调节亚基A(PP2A)[12]、延伸因子-1α(EF-1α)[11,13]、多泛素(UBQ)[14]和TIP41样蛋白基因(TIP41)[12]。然而,某种内参基因并不完全适用于多种环境条件或发育阶段。同一内参基因在不同物种和不同处理中的表达量也不尽相同。如在桃的研究中,翻译优化因子2(TEF2)、泛素10(UBQ10)和RNA 聚合酶Ⅱ(RPⅡ)是最适合的内参基因[9];而在番茄的研究中,GAPDH或PGK和EF1分别是氮胁迫和昼夜节律下最适合的内参基因[15]。因此,针对不同物种,不同的生长阶段或环境条件下选择相对稳定的内参基因是准确分析目标基因表达谱的关键[11]。
梭梭(Haloxylonammodendron)生长在荒漠环境,其叶片组织退化成鳞片状,依靠同化枝(assimilating shoots)进行光合作用,对干旱、盐碱等胁迫有较强的适应性[16-18]。……
