胡丽玲,杨晓云,郑 纺

(天津市人民医院 特殊检查实验室,天津中医药大学 中西医结合学院,天津300121)

感染性疾病(infectious disease)是由病原微生物引起的疾病的统称,目前仍然是全球公共卫生重大威胁,传统的病原学诊断方法已不能满足临床诊断和治疗的需要[1]。与传统病原学诊断方法(培养、质谱法、免疫相关抗原抗体检测和核酸检测技术等)比较,宏基因组学的二代测序(mNGS)是一种非靶向广谱病原学筛查技术,近几年发展迅猛已广泛应用于感染性疾病病原微生物的精准诊断,特别是在危重、疑难、罕见、新发病原体导致感染的诊断。

1 宏基因组二代测序概况

宏基因组学的临床应用起源于2000年初微阵列技术的应用。该项技术早期的一些成功应用包括SARS冠状病毒的发现、癌症突变的基因图谱,以及对人体不同部位微生物组的深入分析[2]。宏基因组二代测序无需预设、无需培养、无偏好性,通过提取临床样本中DNA或RNA片段,直接对样本中所有核酸进行高通量测序、数据库比对和智能化算法分析,能够快速、准确的判断致病病原微生物的种类(包括细菌、真菌、病毒、寄生虫等)。此外,mNGS检测可以覆盖全样本类型包括脑脊液、体液、脓液、拭子、肺泡灌洗液、组织、痰液、血液等,而且可显著提高低病原含量无菌体液样本的阳性率。mNGS主要操作流程包括:样本的采集与处理、提取核酸、文库构建、上机测序、信息分析、报告解读;其一次可测得上万种病原体,可检测新发、罕见、跨物种传播、混合感染病原体以及培养阴性的病原体,尤其适用于疑难、危重、特殊感染性疾病的诊断[2-3]。……