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铜死亡相关配对长链非编码RNA肺腺癌预后模型的构建

2023-08-21刘雅峰鲁继斌

中国医科大学学报 2023年7期
关键词:基因突变分析模型

刘雅峰,鲁继斌

(中国医科大学附属盛京医院胸外科,沈阳 110004)

肺癌是全球癌症死亡的最主要原因。在我国,其发病率和死亡率亦位于恶性肿瘤之首[1]。肺腺癌属于非小细胞肺癌,是肺癌最常见的病理类型,约占肺癌整体的40%[2]。分子靶向治疗和免疫治疗已经成为肺腺癌的常规治疗手段,使其预后有所改善,但我国肺癌患者总体5年生存率仍小于20%。因此,寻找预测肺癌预后的生物标志物十分必要。

铜是生物体必需的微量元素。但当细胞内的铜离子浓度超过稳态阈值时,会表现出细胞毒性。铜死亡是一种新型细胞程序性死亡,其原理为过量的铜离子直接与三羧酸循环中的脂酰化成分结合,诱导脂酰化蛋白质聚集和铁硫簇蛋白质丢失,激发蛋白质毒性应激,从而导致细胞死亡[3]。已有研究[4]表明,铜离子与肿瘤的生长、增殖和抗血管生成等密切相关。

长链非编码RNA (long noncoding RNA,lncRNA)是一种长度超过200个核苷酸的非编码RNA。许多研究[5-6]证实,lncRNA可以调控肺腺癌的生物学行为,还可以作为预测肺腺癌预后等的潜在生物标志物。本研究旨在开发新型铜死亡相关配对lncRNA的预后标志物,以期提高预测肺腺癌患者预后的准确性以及评估其药物敏感性。

1 材料与方法

1.1 数据的获取和确定铜死亡相关差异lncRNA(differentially expressed cuproptosis-related lncRNA,DEcrlncRNA)

由癌症基因组图谱 (The Cancer Genome Atlas,TCGA) 数据库获取肺腺癌患者转录组数据、基因突变信息和对应的临床信息。使用Ensembl数据库来源的注释文件,注释其中的lncRNA。从已有文献中获取共10个铜死亡相关基因,包括FDX1、LIAS、LIPT1、DLD、DLAT、PDHA1、PDHB、MTF1、GLS和CDKN2A。……

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