睾丸癌铁死亡相关基因的生物信息学分析
2023-06-21郭晓英马慧颖闫凤梅宋宜岚
郭晓英, 李 玲, 马慧颖, 闫凤梅, 郝 羽, 黄 静, 宋宜岚
(1. 宁夏医科大学公共卫生学院职业卫生与环境卫生学系,银川 750004;2.宁夏医科大学环境因素与慢性病控制重点实验室,银川 750004)
据WHO 报道,全球8%~12%的夫妇患有不育不孕症,其中男性因素占50%以上[1]。睾丸癌是20~35 岁人群最常见的肿瘤,约占95%,不育男性睾丸癌的患病率是正常男性的1.5 倍及以上[2-3]。目前为止,睾丸癌的主要治疗手段是放化疗,以延长患者的生存时间,但其对生育能力无治疗作用且可造成永久性不育[4]。因此,了解睾丸癌发生的具体分子机制,发现更加有效的预防和治疗方法尤为重要。
铁死亡作为近年来新发现的一种独特的细胞死亡方式[5],越来越多地用于癌症相关治疗[6-7]。在肿瘤的发生过程中,铁死亡具有促进和抑制肿瘤的双重作用,且联合使用针对铁死亡信号的药物可以改善肿瘤的治疗效果[8-9]。本研究从基因水平探究睾丸癌铁死亡相关基因的差异表达模式,筛选与睾丸癌患者生存率相关的枢纽基因,以期为睾丸癌的预防、诊断和治疗提供新的思路和理论依据。
1 资料与方法
1.1 资料来源
从UCSC Xena 数据库(https://xena.ucsc.edu/)下载TCGA 数据(https://portal.gdc.cancer.gov/),从GTEx 数据库(https://genome.ucsc.edu/gtex.html)下载睾丸癌组织和正常组织表达谱数据;从美国基因芯片公共数据库GEO(gene expression omnibus,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载基因芯片GSE8607;从铁死亡数据库FerrDb V2(http://www.zhounan.org/ferrdb/current/)下载铁死亡激动和抑制相关基因共483 个。
1.2 方法
1.2.1 睾丸癌组织与正常组织间主成分分析(principal component analysis,PCA)和差异基因筛选 从TCGA 和GTEx 数据库下载睾丸癌组织(n=148)和正常组织(n=165)表达谱数据,采用DESeq2 包[10]分析差异基因,差异基因筛选标准为adjustP<0.05 且log2FC >2。……
