王浩杰， 张珍华， 李琰， 张霞， 彭锐

（四川大学生命科学学院，生物资源与生态环境教育部重点实验室，成都610065）

哺乳动物的基因组中约2/3可转录，而仅约1.9%的部分可合成蛋白（Mattick，2001；Djebaliet al.，2012）。多数非编码基因的转录产物称为非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA），其中长度超过200 nt的RNA被定义为长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）。与 mRNA相同的是，lncRNA也是由RNA聚合酶Ⅱ转录，具有5’-和3’-poly A尾部的结构（Mercer & Mattick，2013；Marcheseet al.，2017）。除了无法编码蛋白外，与mRNA相比，lncRNA有表达量更低、更高的组织特异性表达模式等的特点（Mongelliet al.，2019）。LncRNA曾被视为转录组的“噪音”，但它可通过与蛋白或蛋白编码基因（protein-coding gene，PCG）等生物大分子作用，从而参与一系列重要的生物过程，如转录调控、细胞分化和细胞自噬等（Gil & Ulitsky，2020；Sunet al.，2020）。

在包括人类和家畜在内的多个物种中，lncRNA都可呈现出组织特异性的表达特点（Tsoiet al.，2015；Kernet al.，2018；Cavaet al.，2019）。一些组织特异性lncRNA（tissue-specific lncRNA，TS lncRNA）已被证实对其所在的组织发育有着重要的影响，Grote等（2013）在小鼠Mus musculus的胚胎细胞中发现了特异性表达于侧中胚层的TS lncRNA Fendrr，并证实对Fendrr的沉默会导致小鼠的心脏和体壁发育异常。Morán等（2012）筛选了人胰岛内的TS lncRNA，并发现它们是胰岛β细胞分化过程中的重要组成，还发现了lncRNA HILNC25对糖尿病相关基因GLIS3的正调控作用。

猪肉不仅在肉类消费市场上占有重要地位，也是人类摄入蛋白的重要来源。因此，提升猪肉的品质对生猪养殖业十分重要。肌肉内脂肪（intramuscular fat，IMF）是影响猪肉品质的重要因素，较高的IMF含量可以提升猪肉的多汁度、柔软度和风味（Daszkiewiczet al.，2005）。影响IMF含量的因素包括品种、年龄、饲养环境、饲料中蛋白质含量等（Parket al.，2018；Malgwiet al.，2022），然 而lncRNA-mRNA的相互作用对IMF的影响还不清楚。

本研究利用公共数据库中的RNA-seq数据，重新组装了家猪Sus scrofa domestica的转录组并鉴定了lncRNA，筛选了在肌肉、脂肪、脾脏、肾脏、肝脏和卵巢中的TS lncRNA并预测了其功能。……