事情变得复杂了！“特里尼达号”被卡在港口了，因为船体破损很厲害！埃尔曼佐派潜水员下水检查船的破损情况。维修工作要耗费很长时间……船员们同意，必须要分头行动了。

“维多利亚号”独自出发，船上有四十七名欧洲人，十三名身体强健、精力充沛的印度尼西亚人。塞巴斯蒂安船长让本来负责记录航行日记的弗朗西斯科·阿尔伯做领航员。安东尼奥·皮卡费塔也跟他们一同出发。

出发日期定在 1521 年 12 月 18 日。这时候出发正好，因为此时盛行的季风可以推着船向西南方向行驶。埃尔曼佐派了两名领航员带领他们到帝汶岛，还给了他们许多储备物资：木柴，大米，椰子油、甘蔗，还有活的猪、羊、鸡，以及八十吨水和新帆。一切准备就绪！

“维多利亚号”载着二十六吨香料从西边回欧洲，这首先违背了西班牙国王的意愿，因为国王曾命令他们原路返回;其次无视了《托尔德西里亚斯国际协定》，根据该协定，运载香料的西班牙船只不能经过葡萄牙领地。