核糖核酸酶A家族成员2基因与胶质瘤免疫浸润水平及临床预后的关系分析△
2022-08-10于海明卢武李玉姬张思也
于海明,卢武,李玉姬,张思也
湖南省人民医院重症医学科,长沙 410000
神经胶质瘤是中枢神经系统(central nervous system,CNS)最致命的原发性脑肿瘤。美国约有30%的CNS肿瘤被诊断为神经胶质瘤[1],其中,恶性肿瘤占81%[2]。世界卫生组织(World Health Organization,WHO)根据组织学特征将胶质瘤分为Ⅰ~Ⅳ级[3]。弥漫性低级别(WHOⅠ~Ⅱ级)胶质瘤称为低级别胶质瘤(low-grade glioma,LGG)[4]。由于其增殖速度快和高侵袭性,这些LGG将在几个月内发展成胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)(WHOⅢ~Ⅳ级)[5]。GBM是最常见的恶性胶质瘤,临床预后差,很少患者生存时间超过14个月[6]。因此,研发帮助判断胶质瘤临床预后的生物标志物是非常必要的。核糖核酸酶A家族成员2(ribonuclease A family member 2,RNASE2)是免疫系统的重要调控因子,是多种肿瘤的预后标志物[7-9],但其在胶质瘤中与免疫浸润及预后的关系仍未有研究。本研究通过生物信息学分析RNASE2基因在胶质瘤组织与正常组织中的表达差异,并评估其与胶质瘤预后、免疫浸润水平的关系,现报道如下。
1 资料与方法
1.1 RNASE2基因的筛选过程
下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atla,TCGA)数据库中胶质瘤组织测序数据163个和脑组织测序数据44个,进行差异表达基因分析,得到7649个差异表达的基因(P<0.05);根据预后数据进行生存分析,取差异最显著的前500个预后基因(P<0.05)。免疫基因来自IMMPORT数据库(https://www.immport.org/shared/genelists)中的细胞因子,共456个。三者采用韦恩在线分析(http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn)取交集。
1.2 RNASE2基因的表达水平分析
RNASE2基因在中国胶质瘤基因组图谱(Chinese Glioma Genome Atlas,CGGA)和 TCGA 数据库泛癌中的表达采用肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)数据库(http://timer.comp-genomics.org/)和UALCAN数据库(http://ualcan.path.uab.edu/analysis.html)进 行 分 析 。RNASE2基因在TCGA数据库中胶质瘤组织和脑组织中的mRNA表达量及其与预……
