邱丹丹 综述 蒋 松 审校

RNA测序技术是全转录组范围内分析基因差异表达和mRNA差异剪切的重要工具[1]。早期的RNA测序技术主要应用于组织样本或细胞群,称为组织/细胞群RNA测序(bulk RNA-seq),测量一个大的组织或细胞群体中每个基因的平均表达水平,对比较转录组学是有帮助的。但细胞间基因表达异质性被平均值掩盖,因此bulk RNA-seq对于研究复杂的异质性系统,例如脑、肾脏等器官的不同细胞功能是不足的。近10年应运而生的单细胞RNA测序技术(scRNA-seq),可从单细胞层面描绘RNA表达谱,识别异质细胞群中的数量少但发挥特殊功能的细胞亚群,成为发现与生理和疾病表型相关的细胞亚群,并鉴定其功能的强大工具[2-3]。然而,scRNA-seq技术最重要的局限性是,在单细胞制备过程中会丢失细胞在局部组织中的空间位置信息,而后者是揭示不同类型细胞间相互作用和信号转导的重要依据,也是帮助确定生理和病理状态下组织内环境变化的关键因素。因此,空间转录组学就是在获得不同类型细胞基因表达数据的同时,标注其在组织局部的空间位置。本文将介绍常见的空间转录组技术,并综述其在肾脏疾病研究中的应用。

空间转录组技术

空间转录组技术是将空间维度和组织形态整合到组织细胞的全基因组转录图谱中,以便在完整组织背景下探索不同细胞参与的病理生理过程。近年来,空间转录组技术迅猛发展,不同技术方法可识别的转录本数量、可操作性和经济成本各不相同。……