林本夫，任欣悦，袁晓琪，梁梦诗，丘穗萍，潘婧淇，原丽红

（1.广州市花都区动物卫生监督所，广东广州 510800；2.广东药科大学生命科学与生物制药学院，广东广州 510006）

食源性疾病一直是全球广泛关注的公共卫生问题之一[1]。据统计[2]，每年有6亿人患食源性疾病，其中42 万人死亡，每10 人中就约有1 人患病。其中，由沙门氏菌（Salmonella）引起的食物中毒人数居我国食源性致病菌致病人数的首位[3]。当前沙门氏菌实验室诊断方法（GB 4789.4—2016）[4-5]成本高、周期长，对操作人员技术要求高，不能满足基层高通量、快速、低成本的检测需求[6]。全基因组测序（whole genome sequencing，WGS）以特异性基因差异来表征菌株之间的差异，具有显著的分型优越性[7]，并且可以快速详尽地得到耐药细菌的特征，是检测细菌耐药性的有效技术手段，极大克服了传统方法的局限性[8-9]。

前期对分离到的9株沙门氏菌进行了传统的血清分型和耐药性分析[10]。本研究以这9株沙门氏菌为研究对象，通过全基因组测序预测其血清型和耐药基因，进而将全基因组测序结果与传统检测结果进行对比，评价两者结果的一致性和各自优缺点，探讨全基因组测序技术在沙门氏菌基层检测和监控工作中的应用前景。

1 材料与方法

1.1 材料

从猪、禽屠宰场环境样品中分离得到9株沙门氏菌，其中6株来自生猪屠宰场（土壤2株、污泥2株、屠宰车间拭纸2株），3株来自禽类屠宰场（土壤1株、污泥1株、屠宰车间拭纸1株），具体采样和分离方法见参考文献[10]。

1.2 方法

1.2.1 全基因组测序 9株沙门氏菌全基因组测序，由广东美格基因科技有限公司（中国广州）完成。……