猪流行性腹泻病毒山东SD20BZ01株的分离鉴定及遗传进化分析
2022-06-07田似报尹明荣王文文厉磊王一新李阳
田似报,尹明荣,王文文,厉磊,王一新,李阳
(1.北京中科基因技术股份有限公司,北京 102600;2.山东农业大学动物科技学院,山东泰安 271018;3.临沂市畜牧发展促进中心,山东临沂 276003;4.中国动物卫生与流行病学中心,山东青岛 266032)
猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起的一种急性、病毒性肠道传染病[1]。该病的临床症状主要为腹泻、脱水和呕吐,尤其以哺乳仔猪发病最为严重,10 日龄内哺乳仔猪死亡率可高达90%。该病于1971 年首次在英国被报道,我国最早于1984 年分离到PEDV 毒株[2-3]。此后,由于PEDV 疫苗的广泛使用,该病得到有效控制。然而,自2010 年以来,PED在我国再次大面积暴发,给我国养猪业带来了巨大经济损失[4-6]。
PEDV 属于尼多病毒目冠状病毒科冠状病毒属,为单股正链RNA 病毒。由于RNA 聚合酶缺乏修正功能,PEDV 在复制过程中发生变异的概率相对较高。研究[7]发现,2010 年以来我国PED 再次流行与变异株的出现有关,经典疫苗株对其保护效果减弱,从而造成PEDV 的广泛传播。基于对全基因组序列的遗传进化分析,PEDV 可被分为GI 和GII 两个基因型。其中,GI 群是以CV777株为主的经典毒株,GII 群为近几年流行的变异毒株,又可进一步被分为GII-a 亚群和GII-b 亚群[8]。因此,了解并掌握不同地区PEDV 毒株变异情况,对于PED 的针对性防控具有重要意义。
本试验采用细胞接种方法,从2020 年山东省滨州市某猪场的PEDV 阳性样品中成功分离到1株PEDV 毒株,并将其命名为SD20BZ01株。随后,本研究对SD20BZ01株进行了全基因组测序,并通过DNAstar、MEGA 7.0 等软件,将其与参考毒株序列进行同源性比对和遗传进化分析,以期了解该地区流行毒株的变异趋势,从而为科学有效防控PED 流行提供理论依据。……
