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基于整合药理学及分子对接技术探讨小青龙汤治疗慢性阻塞性肺疾病急性加重期的分子机制

2022-05-13韩东卫杨琴琴王利芳梁欣张洪波张维君

中国医药导报 2022年10期
关键词:数据库

韩东卫 杨琴琴 王利芳 梁欣 张洪波 张维君

黑龙江中医药大学基础医学院 北药基础与应用研究重点实验室,黑龙江哈尔滨 150040

慢性阻塞性肺疾病(以下简称“慢阻肺”)是指持续性的气流受限及相应呼吸系统症状[1]。慢阻肺急性加重期(acute exacerbation of chronic obstructive pulmonary disease,AECOPD)在肺功能减退基础上,合并有气道黏液高分泌、管腔内渗出、小气道炎症等急性并发症[2]。中医可将AECOPD 归属于“喘证”“肺胀”范畴,本虚标实是其发病的基本病机。小青龙汤出自张仲景《伤寒论》,具有解表散寒、温肺化饮之效。多项研究表明,小青龙汤治疗AECOPD 效果确切,且优于单独应用西药治疗[3-4]。

1 材料与方法

1.1 药物成分与靶标

中医药整合药理学平台(integrative pharmacologybased research platform of traditional Chinese medicine,TCMIP)V2.0 平台检索小青龙汤(麻黄、芍药、细辛、干姜、甘草、桂枝、半夏、五味子),构建化学成分库。与DrugBank 化学指纹特征比对,以相似性系数Tanimoto≥0.8 筛选药物候选靶标。以“AECOPD”为关键词检索GeneCards、OMIM 数据库,构建疾病靶标。本研究经黑龙江中医药大学科研伦理委员会审核通过。

1.2 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络

药物-疾病交集靶标,通过度中心性、接近中心性、中介中心性中位数卡值得到核心靶标,导入STRING数据库构建PPI 网络。

1.3 基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组数据库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析

STRING 数据库下载潜在靶标的GO 及KEGG 数据,借助微生信在线平台进行富集分析。

1.4 关联网络图构建与可视化分析

借助Cytoscape 3.7.2 软件构建小青龙汤治疗AECOPD 多维网络图。

1.5 分子对接

借助AutoDock 软件进行分子对接处理,ZINC 数据库下载活性成分“mol2”文件,PDB 数据库下载靶点蛋白的3D 晶体结构,用Pymol 软件进行可视化。……

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