APP下载

试论植物子平台和CVH的发展简史及其地位与作用

2022-04-30刘慧圆陈天翔韩国霞李奕李荣贵李敏许哲平覃海宁

广西植物 2022年13期
关键词:资源共享标本生物

刘慧圆 陈天翔 韩国霞 李奕 李荣贵 李敏 许哲平 覃海宁

摘 要:  作为国家标本资源共享平台主要的子平台和最早的共享网站,植物标本子平台及其共享网站“中国数字植物标本馆(CVH)”的发展经历了试点期、发展期、验收考核期、整改服务期和创新发展期5个时期。植物子平台和CVH的建设组织100多家标本馆完成近800万份标本的数字化表达和实现网上共享。这一成果对我国分类学研究、生物多样性保护以及生物信息的发展等起到了重要作用,植物子平台和CVH也成为全国生物多样性信息共享合作的重要项目和平台。参建标本馆数字化建设能力得到提升,基本实现了信息化现代化的管理。

关键词: 植物标本, 数字化, 植物学数据库, 分类学, 生物多样性保护, 信息学, 合作项目, 标本馆现代化管理

中图分类号:  Q94

文献标识码:  A

文章编号:  1000-3142(2022)增刊1-0003-15

收稿日期:  2022-09-20

基金项目:  国家植物标本资源库 (E0117G1001)。

第一作者: 刘慧圆(1982-),博士,工程师,主要从事植物地理、生物多样性保护和科学数据研究,(E-mail)liuhy@ibcas.ac.cn。

通信作者:  覃海宁, 博士, 主要从事植物分类学、生物多样性信息化和生物多样性保护研究,(E-mail )hainingqin@ibcas.ac.cn; 许哲平, 博士, 副研究馆员, 主要从事科学数据、 科技情报和开放科学研究, (E-mail)xuzp@mail.las.ac.cn。

On the history and function of  the Plant Specimen Sub-

Platform and Chinese Virtual Herbarium (CVH)

LIU Huiyuan1, CHEN Tianxiang1, HAN Guoxia1, LI Yi, LI Ronggui1,

LI Min1, XU Zheping2,3,4*, QIN Haining1*

( 1. State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany, Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100093, China;

2. Key Laboratory of Intelligent Information, National Science Library, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China; 3. Key Laboratory of New

Publishing and Knowledge Services for Scholarly Journals, Beijing 100190, China; 4. School of

Economics and Management, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China)

Abstract:  The development history of Plant Specimen Sub-Platform (PS-SP) and its sharing website CVH can be defined as five phases i.e. testing, development, acceptance, improvement and innovation phase. The accomplished of PS-SP and CVH has brought the achievement of nearly eight million digitized herbarium specimens, and all are available online, through which they play  important roles to the national phytotaxonomy, bioinformatics and biodiversity conservation. Furthermore, PS-SP and CVH have been act as a botanical collaborative network at national level, and the participant herbaria benefit a lot for their modernization management and capacity building, etc.

Key words: herbarium specimens, digitization, botanical database, taxonomy, biodiversity conservation, bioinformatics, collaborative project, herbarium modernization management

我國植物(生物)标本数字化及其信息共享工作自20世纪80年代末启动至今的30余年间取得了长足发展。大多数植物标本馆馆藏实现了数字化,共有1 000多万份标本通过网站实现共享,有力支撑了分类学等相关科学研究和我国政府制定生物多样性保护对策及国际履约,并在国家层面建立了生物物种信息数字化合作平台。上述成就的取得主要得益于20世纪90年代末科技部启动的由江苏省中国科学院植物研究所和数所主要大学共同建设的“植物标本信息系统”项目、21世纪初中国科学院实施的“中国科学生物标本馆网络信息系统建设”项目以及(科技部)国家科技基础条件平台(简称“总平台”)项目“国家标本资源共享平台建设”等数个重要项目的实施(许哲平等,2012;刘启新等,2022)。以总平台资助项目“国家标本资源共享平台”为例,在15年间(2004—2019,包括2009—2011验收认定考核期)通过组织植物、动物、教学、自然保护区、岩矿化石和极地6个标本子平台(课题)建设,共完成全国200余家单位近1 500万份自然科学标本(藏品)的数字化,包含1 000多万份植物标本和370万份动物标本,并通过项目网站及各个子平台共享网站,如植物标本子平台(Plant Specimen Sub-Platform, PS-SP)(简称植物子平台)的中国数字植物标本馆(Chinese Virtual Herbarium,www.cvh.ac.cn,CVH)实现信息在线共享。

2019年,科技部、财政部发布关于国家科技资源共享服务平台优化调整结果的通知(国科发基〔2019〕194号)。该通知对原有国家平台进行优化调整,确定成立包括“国家植物标本资源库”“国家动物标本资源库”和“国家岩矿化石标本资源库”等在内的30个国家生物种质与实验材料资源库。至此,植物子平台和CVH 作为官方(课题)名称完成了历史使命。

CVH作为国家标本资源共享平台,是国内上线时间最早、数据量最大、受众面最广的信息共享网站,植物子平台作为国家标本资源共享项目最主要的课题,对整个项目实施乃至全国植物标本规范化整理、数字化表达、信息共享和数字化队伍建设及协作网络搭建等发挥了重要作用。本文及本期的陈天翔等(2022)两篇文章通过对历史资料的梳理,对植物子平台及CVH的工作做一总结性介绍,兹以纪念且为今后国家植物标本资源库建设等相关工作提供参考。

曾有数篇文章对植物子平台和CVH做过介绍。许哲平和赵莉娜(2010)介绍了CVH研发历程及技术特色;许哲平等(2012)讨论了CVH资源管理和共享应用方面存在问题,并提出解决对策;刘慧圆等(2017)介绍了CVH各类数据资源和植物子平台在标本信息化技术研发、技术服务方面的工作;肖翠等(2017,2018)在对原国家标本资源共享平台(NSII)发展及现状的介绍中包含了CVH和植物子平台部分相关信息等。但是,缺乏系统论述植物子平台和CVH建设的作用和成效,对植物子平台运作机制、技术特点等鲜有提及。我们尝试通过本文及本期的陈天翔等(2022)两篇文章来弥补上述不足。其中,前者(本文)在简述植物子平台和CVH发展历程后,侧重介绍其建设效果和意义,后者(陈天翔等,2022)则主要介绍植物子平台作为课题经多年建设形成的一整套运行机制和技术方法,包括操作过程和经验体会等。

1 植物子平台建设及CVH共享网

站发展的主要历程

2003年,科技部与发改委、财政部、教育部等有关部门联合启动了自然科技资源共享平台建设重点领域试点项目“生物标本描述标准和规范的制定及共享试点”(国家标本资源共享平台的前身)被批准作为首批试点项目之一于2004年正式实施,项目承担单位(主持单位)为中国科学院植物研究所,主管部门为中国科学院。在项目启动初期,标本资源共享平台项目组就对标建设一个国家级共享平台做好了规划和顶层设计。按照总平台统一部署,对全国生物标本资源尤其是植物标本资源现状及历史等各个方面进行系统性调查分析,并结合国际发展趋势和国内20世纪80、90年代标本信息化建设经验制订了国家型植物标本信息共享平台建设的原则策略(贾渝等,2005;马克平,2007;王运红等,2008a)。该原则策略包括数字化标准规范(制订)先行、用优质标本(馆)资源作数字化试点取得经验再行推广、以标本信息为主整合相关生物(植物)数据库和以科研用户服务体验为导向的平台建设思想等。植物子平台在往后这些年的建设一直围绕上述原则策略进行,并根据平台任务要求结合学科发展和用户新需求作适当调整。

按照平台建设目标、共享效果及实施主体等特点,把2004—2019年间植物子平台和CVH建设历程划分为标准和规范的制定及数字化试点、数字化发展及信息整合共享、平台验收认定考核、资源质量整改及提升运行服务水平和植物子平台创新发展5个时期(阶段)(表1)。

本文所介绍的工作内容包括了国家标本资源共享平台项目前期部分或大部分工作。植物子平台(课题)名义上首次出现在2006年,但在2014年之前,植物子平台的运作和CVH的建设基本上是在项目层面直接指挥和安排下开展工作的。

1.1  标准和规范的制定及数字化试点期(简称“试点期”)(2004,2005)

本期工作内容包括标本描述及信息化标准和规范的制定、馆藏标本标准化整理、标本数字化表达以及实现信息共享4个方面。在植物方面: 共组织专家完成36项标准和规范的制定,内容涉及高等植物各大类群的标本采集、整理与保存规范、标本描述规范、植物描述术语标准,以及标本数据库建设规范、地名库与专家库的建设规范等(马克平,2006;覃海宁等,2010);两年共完成中国科学院4家研究所和中山大学、四川大学和南京大学等7家大学,共计11家标本馆156万份标本的数字化工作,包括标签信息录入和图像制作,并通过项目内部网络如原“中国植物科学网”(现已关停)和提交国家自然科技资源e-平台等形式实现标本信息的初步共享(王运红等,2008b;马克平,2007)。数年后,e-平台演变为国家科技资源共享网(www.escience.org.cn/)。

1.2 数字化发展及信息整合共享期(简称“发展期”)(2006—2008)

国家标本资源共享平台项目经过前期试点工作积累了建设国家型共享平台的经验,尤其是通过选择中国科学院和大学等几所历史悠久、标本质量上乘、技术力量雄厚的标本馆开展标本数字化,为组织多家标本馆基于统一方案开展数字化工作探索出一套工作方法和经验,为开展更大规模的数字化活动奠定了基础。

在2006—2008三年期间,植物标本数字化及其共享事业得到很大发展。共完成331万份标本的数字化,28家参建单位(标本馆)涵盖了中国科学院系统全部14家标本馆以及院外一些代表性标本馆,包括3家省级研究院所和11家大专院校,共分布在全国19个省区22个城镇。按馆藏量分类: 21家为中大型标本馆,包括馆藏量在50万份以上的全部8家大型标本馆;7家虽为馆藏量在10万份以下小型标本馆,但他们的馆藏颇具特色,如广西中医药研究院(GXMI)、湖南科技大学(HUST)、杭州植物园(HHBG)、贵州科学院生物研究所(HGAS)等。

CVH 的正式上线是本阶段另一个重大进展!此后,总平台有了专门对外展示数字化成果及工作交流的重要窗口和平台。

我們基于学科积累和项目试点期完成的标准和规范研制了中国植物名称及其发表文献、 研究人名,以及标本采集地名新旧对照等一批数据库,加上征集来的植物野外生活照片等10余个植物学数据库,并与标本信息对接成为在线标本馆的雏形(图1),通过网站对外提供信息共享服务。

模式标本是植物分类命名学的重要依据,是实体标本馆的“镇馆之宝”,在数字化中占据重要的地位。本期组织8家标本馆完成1.7万份(号)模式标本的整理及数字化表达,并实现网络共享。与普通标本相比,模式标本的整理及数字化表达较为复杂,具体技术方法参见陈天翔等(2022)。

1.3 平台验收考核认定期(简称“考核认定期”)(2009—2011)

总平台自2008年上半年起组织对平台在研项目进行进展评估、对“十一五”平台建设成效进行阶段性验收和撰写回顾与展望报告,并结合“十二五”规范讨论和制订平台建设目标和发展思路等一系列活动。整个活动一直延续至2011年初。总平台为此制订了平台认定和绩效考核指标。最终包括国家标本资源共享平台在内共有25个平台通过评议和验收,得以继续运行(三年间均无平台经费资助)。此外,总平台还指导各个平台制订运行服务管理细则等。

在2009—2011三年期间,植物子平台除了参与标本项目组织的验收评估活动外,由于缺乏专项经费支持没有开展新的标本数字化工作,而将主要精力放在数据整理和CVH网站运维上。例如,2009年,对标Darwin Core数据标准对数据做了规范化整理,包括地标化整理182万份标本、整理82万份物种名称,有效地提高了数据质量。同时,CVH采用LSID(Life Sciences Identifier,生命科学标识)国际标准对基于物种名的各类数据进行关联,建立与EOL(Encyclopedia of Life,生命大百科全书)、BHL(Biodiversity Heritage Library,生物多样性遗产图书馆)、IPNI(International Plant Names Index,国际植物名称索引)等国际主流生物多样性信息平台之间的关联,为生物信息全球信息共享奠定了基础(许哲平等,2012)。随着CVH新版(CVH 3.0)的研发,这些高质量数据得到开放,使科学家和专业用户更好地对多源数据进行共享和集成。

1.4 资源质量整改及提升运行服务水平期(简称“整改服务期”)(2012,2013)

随着“考核认定期”的结束,总平台自2012年起重新启动和资助平台建设。本期建设目标是根据上一期的考核及验收结果,进一步提高共享数据质量,结合平台改造进一步提升网站运维和服务水平。本期植物子平台工作包括对标本数据库及其他植物学数据库的清理和完善,新增腊叶标本照片和生境照片、裸子植物物种信息库、栽培植物数据库、亚洲苔藓植物数据库等新库,采集地地标化、植物名称及采集人名称更新,以及CVH共享网站的改造以提升用户体验等两大方面。CVH4.0、国家标本共享平台(NSII)网站均正式上线,后者成为国家标本资源共享平台的门户网站。

本期共组织中国科学院系统7家标本馆完成30.5万份标本的数字化,以及0.5万份模式标本的整理和数字化。这些数据都实时在CVH和NSII网站上提供查询共享,并汇交至国家科技资源共享网。

1.5 植物子平台创新发展期 (简称 “创新期”)(2014—2019)

截至2013年底,国家标本资源平台(NSII)共完成植物数字化标本700多万份。其中三分之二由植物子平台完成,三分之一由教学标本子平台完成。此时,国家科技基础条件平台经过10年建设,标本数字化增速大为降低。数字化标本虽然只占全国馆藏量(2 150万份)(覃海宁等,2019)的三分之一,但囊括了条件较好的中国科学院系统及重要大学的主要标本馆,而尚未开展数字化标本的大多为标本质量欠佳、采集信息不全或未整理鉴定标本、数字化难度大且保藏在众多大专院校和地方行业研究院所(园、馆)的小型标本馆中,这些标本馆专业技术力量薄弱。

植物子平台于2014年正式独立,成为与其他子平台平行运营的课题。借此机会,植物子平台在充分调研后提出一套新的课题运作方法(模式),以突破老旧小标本馆数字化瓶颈。该方法包括课题实施前实地调研考察、执行“两头严”(严格把关合同签字、严格审查结题上交数据)、“中间紧”(紧抓中期进展)和强化对平台参建单位技术支持等(具体运作方法和技术参见本期的陈天翔等(2022)。同时,把组织中国科学院及地方研究院所开展标本数字化的子平台(园、馆)标本馆列为重点吸收对象,并将工作范围延伸至高校。

经过6年的努力,到2019年底,植物子平台期间共组织92家单位完成230万份标本的数字化。92家参建标本馆中,68家为馆藏量在10万份以下的小型标本馆,占参建馆的74%,74家为首次参加数字化单位(占80%),其中地方研究院所(园、馆)25家,比2014年前(3家)多了22家,增加7倍,大专院校45家,比2014年前(13家)多了32家,增加3.5倍(表2)。

截至2019年底,植物子平台组织100多家标本馆完成的790万份数字标本(含5万份模式,下同)同其他植物学数据库一道通过本期上线的CVH5.0对外提供共享服务。该版CVH尝试以提供专家辅助工作平台、 构建标本在线管理平台和开发人工智能系统iHerbarium为创新点,并取得成效(李敏等,2018)。

1.6 CVH发展迭代历程 (2006—2019)

有关CVH的发展历程,曾有三阶段(许哲平,赵莉娜,2010)和四阶段(刘慧圆等,2017)的分法。CVH作为植物子平台共享网站,其发展目标和迭代阶段与子平台的发展历程基本契合。结合植物子平台建设发展历程,将CVH在2006—2019年间的发展历程划分为五个阶段(表3,图2)。

Ⅰ期: 数据汇总期 (2006—2008)。本阶段CVH1.0作短暂试验后下线,主要以2.0版本运行。主要提供在线共享中国主要标本馆数字化标本信息,并根据来源馆情况分别采用集中式和分布式、总馆與分馆相结合的方式进行共享。此后,随着数字化项目的持续开展, 新增数字化标本信息稳定上传至网站。除了标本数据外,CVH还建设共享了物种名称、图片和文献等一批数据库,构成支持分类学研究的主要数据体系。此外,CVH还提供一些早期的标本数字化工具及流程和标准规范。

Ⅱ期 (数据标准化和规范化)和Ⅲ期 (基于SOA的e-Science平台)(2009—2012)。共历时4年,研发功能较多,均以CVH3.0为载体实现,又分为Ⅱ期和Ⅲ期。Ⅱ期以标本规范化整理为主,并尝试引入国际数据标准,包括站内数据与国际著名数据系统的关联;Ⅲ期根据CVH数据系统特点打造模块化管理模式,并建立面向研究型群体的e-Science平台。

Ⅳ期: 信息整合服务期(2013—2019)。本期因网站开发人员更迭,研制了CVH 4.0和5.0两个版本,特色仍然是基于现有标本等信息的整合,为各类用户提供更好的服务体验。在本阶段中,CVH强化了面向标本馆和分类学专家的服务,即为各标本馆设计了标本馆子站和标本在线录入系统,并设置标本馆用户权限以及专家用户权限,还开发了适用于智能手机的“iHerbarium标本馆伴侣”,尝试将植物标本数字化流程融入标本的采集、鉴定、入库等环节,助力提升标本馆的工作效率和管理水平。

Ⅴ期: CVH6.0或称“国家植物标本资源库在线服务平台”(2020至今)。本期继承了前期版本网站的服务宗旨,关注用户使用习惯,进一步提升用户体验,并结合科技部对国家种质资源库的要求,整合共享资源库植物标本、植物彩色照片、植物DNA条形码等数字化资源,同时在线提供资源库社会服务、信息公开和工作进展等内容。在数据共享方面,提供了完整的线上数据获取工作流程、推广标准化的数据引用方式。在标本馆能力建设方面,本期网站尝试建立数字-实体标本馆联动桥梁,建设专家系统、标本馆信息管理、标本鉴定同步,实现与实体标本馆的互动。

2 植物子平台建设及CVH网站共

享的重要意义

2.1 完成核心标本资源数字化,极大推动我国生物信息共享和应用

截至2019年底,植物子平台共组织完成数字化标本790万份(含5万份模式标本),同时通过CVH等网站实现共享。参加数字化标本馆共104家(附表1;另有5家菌物标本馆),约占我国活跃标本馆(226家,覃海宁等,2019)的一半,包括中国科学院系统全部标本馆 (16 家)、地方科研院所(植物园、博物馆)的大部分(32家),其余56家为大专院校标本馆(图3:A)。因此,可以说所完成的790万数字化标本代表着我国植物标本资源中最重要、最集中的部分。

自21世纪初以来,国内外数字标本依托互联网等媒介逾越信息孤岛,快速实现大范围共享,极大推动标本信息在植物分类及其相关科学研究、生物多样性保护和科学传播等领域的应用(Beaman & Cellinese, 2012;Wen et al., 2015;Borsch, Stevens & H?ffner, 2020;贺鹏等,2021)。CVH 自2006年上线以来,迅速受到国内外用户访问,成为用户了解和获取中国植物标本及其植物学信息的门户网站(许哲平和赵莉娜,2010;刘慧圆等,2017)。据统计,自2010年以来,CVH年平均用户数达30万人,日均访问IP稳定在2万以上。仅2019年一年总访问量就达到38.3万人次,页面点击量1 169.9万次,数据传输量达6 395.5 GB,网站注册用户达1 900人,访问用户来自全球90个国家(表4)。另据不完全统计,2007—2020年间,使用CVH数据所发表的同行评议文章达1 400多篇,包括中文(含学位论文)1 000多篇,英文400多篇,文章涵盖了气候变化、外来入侵物种的管理、生物多样性调查、分类学研究、濒危物种评估、植物保护、中医药植物分析等50多个主题;共应用于355项各类科技计划和项目,包含重大专项6个、重点研发项目18个、自然科学基金76个、省部级项目18 个、其他项目237个(图3:B)。国家标本共享平台多次被中国政府列为支撑履行《生物多样性公约》的重要国家战略设施(国家环境保护局,2005,2014)。

2.2 大力提升我国植物标本馆的信息化和现代化管理能力

成员馆在参加标本数字化项目和提供信息共享的同时,也改善和提高了自身的保藏条件和管理水平。许多标本馆通过实施数字化專题,对全馆标本进行清查和整理,既摸清了家底,又改善了

标本保存条件,提高了标本鉴定率;数字化活动还需添置高性能相机等数字化装备;技术人员经过培训熟练掌握了标本数字化技能等。馆藏标本的数字化加上人员技能提升和软硬件条件的改善,有力地促进了我国生物标本馆管理的规范化和现代化(张莉莉,2016)。据调查,我国除中国科学院系统以外,其余部门及高校标本馆普遍缺乏专门的标本馆维护运行费。植物子平台和CVH 104家参建单位中,连续2年及以上参加数字化项目的有59家,其中大部分(43家)为地方研究院所(15家)和高校标本馆(28家),参加标本共享平台项目可为他们带来标本馆管理必需的一部分资金。另据统计,2006—2008年间,28家标本馆共2 000多人参加数字化工作(表1),包括大量大学生、研究生和青年职工,他们普遍接受和掌握了数字化技术培训和技能,成为我国生物多样性研究及共享队伍的强大后备力量。

2.3 建立起国家型标本数字化工作平台

国家标本资源共享平台经过10余年建设和经营,成功搭建起一座覆盖全国的生物(植物)多样性信息化建设协作网络/平台。国家型平台的建设宗旨、服务对象、服务信息来源及其建设规范、平台运行机制以及成员单位入选标准等,经过长期探索已经形成一整套行之有效的经验和做法。同时,平台建立起一支专业齐全且稳定的维护团队和经验丰富的专家顾问团队。

国家型数字化工作协作平台将既是延续项目“国家植物标本资源库”建设的重要抓手,也是我国今后开展其他生物多样性信息建设和共享业务的重要基础和重要依托。

2.4 对我国生物多样性信息学发展发挥重要作用

许哲平等(2012)曾指出,CVH发展历程对于目前我国科研数据库建设具有较好的参考价值。作为标本资源共享平台主要子平台和最早的共享网站, 植物子平台和CVH无论是其框架思想、展现形式和效果还是相关的研讨介绍均对我国生物多样性信息学发展产生影响。在这个过程中,CVH对生物多样性信息学技术的普及和应用都起到极大作用, 在一定程度上提高了我国在这方面的建设能力和人才培养能力。CVH的数据库系统和表现形式、总馆与分馆架构,提出的中国生物多样性e-Science平台框架和建设思路,以及子平台的“两头严”“中间紧”和“三有标本”管理模式等,为国内同类信息系统和管理平台提供了榜样和借鉴。一些现行的重要网站或直接脱胎于CVH网站或其主创人员即为原来CVH和子平台团队的骨干,如植物智(www.iplant.cn)、中国植物图像库(ppbc.iplant.cn)、中国植物主题数据库(www.plant.csdb.cn)和中国自然标本馆(CFH,www.cfh.ac.cn)。同时,国家标本共享平台网站(NSII,nsii.org.cn)在2013年上线时也借鉴了CVH的建设经验。

共享平台团队通过参加国内国际学术会议交流、培训和撰写生物多样性信息学文章(王利松等,2010;许哲平和赵莉娜,2010;许哲平等2010,2011)等方式报道标本资源平台及CVH网站建设历程、成效和经验,介绍国际学科发展趋势,并且提出中国生物多样性信息学建设思路和框架等。这些宣传报道对我国的科研数据库建设及科技资源共享具有重要的参考价值,引起了众多同行对科学数据库和共享平台建设的思考,影响了国内一大批共享网站的建设,推动了我国生物多样性信息学的发展(沈晓琳等,2008,2010;李勇,2015;张洋等,2015;张洋,2016;陈建平等,2018;吴倩倩等,2019;肖洒,2019)。

4 总结

十几年来,植物子平台和CVH网站在建设过程中,按照国家科技基础条件平台要求和国家标本资源共享平台项目的指导意见,在不断强化顶层设计、持续进行数据积累、探索提升运行服务水平等方面作了不少有益的尝试;在提升国家生物信息共享水平、支持政府决策制定和加强队伍建设方面均发挥着重要作用。但是,也存在不少缺陷和未尽事宜。例如,在标本数据的清理、为专业用户建立在线协同研究平台、与实体馆的在线信息联动以及与国际著名信息系统对接和扩大海外宣传推广等方面,虽然做过不少尝试和努力,但效果欠佳,或事倍功半或半途而废等。希望后人在继续开展类似信息共享建设时能吸取教训、引以为戒。

生物多样性信息化及共享化建设永远在路上!

致谢 植物子平台和CVH网站建设得到100多家标本馆千余位老师同学的支持;对参建馆各位馆长的大力支持表示诚挚的谢意;非常感谢国家标本资源共享平台项目负责人马克平老师和项目办崔金钟老师、陈铁梅老师、肖翠老师的指导、监督和帮助;感谢原研究组包伯坚、王利松、杨永、何强、赵莉娜、周世良、于胜祥、单章建、谢丹等老师、同学的支持和帮助;感谢所在研究室“系统与进化植物学国家重点室”历任主任、馆长的支持和指导;感谢科技部和财政部对标本资源共享项目的鼎立支持,感谢贾渝、陈彬、陈建平、来金朋、王锦秀、林祁、杨志荣、林秦文等老师的指导和帮助。

参考文献:

BEAMAN RS, CELLINESE N, 2012. Mass digitization of scientific collections: New opportunities to transform the use of biological specimens and underwrite biodiversity science [J]. ZooKeys, 209: 7-17.

BERENDSOHN WG, GNTSCH A, 2012. Open Up! Creating a cross-domain pipeline for natural history data [J]. ZooKeys, 209: 47-54.

BORSCH T, STEVENS AD, H?FFNER E, 2020. A complete digitization of German herbaria is possible, sensible and should be started now [J]. Res Ideas Outcomes, 6: e50675.

CHEN JP, GUO L, GAO YP, et al., 2018. PVH: Development and application of Provincial Virtual Herbarium [J]. Front Data  Comput, 9(5): 84-93. [陳建平, 郭莉, 高燕萍, 等, 2018. PVH: 省级数字植物标本馆平台的开发与应用. 科研信息化技术与应用 [J]. 科研信息化技术与应用, 9(5): 84-93.]

国家环境保护局, 中国履行《生物多样性公约》第三次国家报告(2005)、第五次国家报告(2014) [M]. 北京: 中国环境出版社.

HE P, CHEN J, KONG HZ, et al., 2021. Important supporting role of biological specimen in biodiversity conservation and research [J]. Bull Chin Acad Sci, 36(4): 425-435. [贺鹏, 陈军, 孔宏智, 等, 2021. 生物样本: 生物多样性研究与保护的重要支撑 [J]. 中国科学院院刊, 36(4): 425-435.]

贾渝, 马克平, 覃海宁, 2005. 生物标本资源 [M]//王东阳. 自然科技资源共享政策法规研究. 北京: 科学出版社: 232-263.

LI M, XUAN J, ZHAO MY, et al., 2018. Birth and development prospect of iHerbarium [J]. Front Data Comput, 9(5): 36-40. [李敏, 宣晶, 赵明月, 等, 2018. 标本馆伴侣的诞生与发展前景 [J]. 科研信息化技术与应用, 9(5): 36-40.]

LI Y, 2015. Digitization of herbarium and integration of biodiversity information: Taking Tianjin Natural History Museum as an example [J]. Sci Ed Mus, 1(1): 55-60. [李勇, 2015. 植物标本数字化与生物多样性信息整合——以天津自然博物馆为例 [J]. 科学教育与博物馆, 1(1): 55-60.]

LIU HY, QIN HN, LI M, 2017. Plant Specimen Resource Sharing Platform and plant specimen digital capability construction [J]. Front Data  Comput, 8(4): 13-23. [刘慧圆, 覃海宁, 李敏, 2017. 植物标本资源共享平台与标本数字化能力建设 [J]. 科研信息化技术与应用, 8(4): 13-23.]

LIU QX, CHU XF, DONG XY, et al., 2022. Development epitome of digitization of plant specimens of herbaria in China: Herbarium of Institute of Botany, Jiangsu Province and Chinese Academy of Sciences (NAS) [J]. Guihaia, 42(Suppl. 1): 71-86. [刘启新, 褚晓芳, 董晓宇, 等, 2022.  [J]. 广西植物, 42(增刊1): 71-86.]

马克平, 2006.  生物标本资源共性描述规范 [M]//曹一化, 刘旭. 自然科技资源共性描述規范. 北京: 中国科学技术出版社: 46-53.

马克平, 2007. 植物标本资源平台 [M]//杜占元, 刘旭. 自然科技资源共享平台建设的理论与实践. 北京: 科学出版社: 523-532.

QIN HN, LIU HY, HE Q, et al., 2019. Index Herbariorum Sinicorum [M]. 2nd ed. Beijing: Science Press:preface. [覃海宁, 刘慧圆, 何强, 等, 2019. 中国植物标本馆索引 [M]. 第二版. 北京: 科学出版社: 前言.]

覃海宁等, 2010. 植物标本的采集、制作和保存 [M]//伍玉明, 张春光, 覃海宁, 等, 2010. 生物标本的采集、制作、保存与管理. 北京: 科学出版社: 297-384.

SHEN XL, LIU Y, LIN CR, 2010. Design and integration of Herbarium Database Sharing Platform [J]. Comput Modern, 12: 159-161. [沈晓琳, 刘演, 林春蕊, 2010. 植物标本信息共享平台设计与整合 [J]. 计算机与现代化, 12: 159-161.]

SHEN XL, ZHANG XL, LIAO H, et al., 2008. Design and realization of distributional plant specimen database [J]. Comp Telecommun, 8: 20-21. [沈晓琳, 张向利, 廖宏, 等, 2008. 分布式植物标本数据库的设计与实现 [J]. 电脑与电信, 8: 20-21.]

THIERS BM, 2021. The worlds herbaria 2021: a summary report based on data from Index Herbariorum(Issue 6.0) [Index Herbariorum]. https://sweetgum.nybg.org/science/wp-content/uploads/2022/02/The_Worlds_Herbaria_Jan_2022.pdf.

WANG LS, CHEN B, JI LQ, et al., 2010. Progress in biodiversity informatics [J]. Biodivers Sci, 18(5): 429-433. [王利松, 陈 彬, 纪力强, 等, 2010. 生物多样性信息学研究进展 [J]. 生物多样性, 18(5): 429-433.]

WANG YH, DONG C, PENG J, 2008.Analysis of foreign policies and regulations for sharing natural scientific and technological resources and their implications for China [J]. Forum Sci Technol Chin, 6: 125-129. [王运红, 董诚, 彭洁, 2008. 国外自然科技资源共享政策法规分析及对我国的启示 [J]. 中国科技论坛, 6: 125-129.]

WANG YH, WU X, ZHAO W, 2009. Research on users and characteristics of shared services for natural scientific and technological resources [J]. Sci Technol Manage Res, 29(3): 310-312. [王运红, 吴霞, 赵伟, 2009. 自然科技资源共享服务用户及共享服务的特点研究 [J]. 科技管理研究, 29(3): 310-312.]

WANG YH, ZHANG G, SHEN XY, 2008. Research and practice on national infrastructure of natural resources for science and technology of China [J]. Chin Sci Technol Resour Rev, 4: 16-19. [王运红, 张莞, 沈欣媛, 2008. 国家自然科技资源e-平台建设实践 [J]. 中国科技资源导刊, 4: 16-19.]

WEN J, ICKERT-BOND SM, APPELHANS MS, 2015.Collections-based systematics: Opportunities and outlook for 2050 [J]. J Syst Evol, 53(6): 477-488.

WU QQ, LI BC, SHI YY, et al., 2019. Construction of specimen digitization in natural history museums — A case of Shanghai Natural History Museum [J]. J Nat Sci Mus Res, 4(1): 15-19. [吴倩倩, 李必成, 石亚亚, 等, 2019. 自然博物馆标本数字化建设——以上海自然博物馆为例 [J]. 自然科学博物馆研究, 4(1): 15-19.]

XIAO C, LI MY, YE F, et al., 2018. Exploration of the development direction of NSII based on tens of millions of specimen records [J]. Front Data Comput, 9(5): 7-26. [肖翠, 李明媛, 叶芳, 等, 2018. 基于千万标本记录的NSII发展方向的探索 [J]. 科研信息化技术与应用, 9(5): 7-26.]

XIAO C, LUO HR, CHEN TM, et al., 2017. Progress and Analysis About Present Situation of National Specimen Information Infrastructure [J]. Front Data  Comput, 8(4): 6-12. [肖翠, 雒海瑞, 陈铁梅, 等, 2017. 国家标本资源共享平台数字化进展与现状分析 [J]. 科研信息化技术与应用, 8(4): 6-12.]

XIAO S, 2019. An introduction to plant specimen digitization technology and its applications [J]. Agric Technol, 39(8): 2. [肖洒, 2019. 浅谈植物标本数字化技术及其应用 [J]. 农业与技术, 39(8): 2.]

XU ZP, CUI JZ, QIN HN, et al., 2010. On the architecture of biodiversity e-Science infrastructure in China [J]. Biodivers Sci, 18(5): 480-488. [許哲平, 崔金钟, 覃海宁, 等, 2010. 中国生物多样性e-Science平台建设构想 [J]. 生物多样性, 18(5): 480-488.]

XU ZP, QIN HN, CUI JZ, et al., 2011. Management and shared services of biodiversity information resources in China [J]. Proceedings of the 6th Conference on Promoting the Sharing of Scientific and Technological Information Resources. [许哲平, 覃海宁, 崔金钟, 等, 2011. 中国生物多样性信息资源管理和共享服务 [C]. 第六届科技信息资源共享促进会会议论文集.]

XU ZP, QIN HN, MA KP, et al., 2012.Research on management, sharing and application of natural science and technology resources: Taking Chinese Virtual Herbarium (CVH) for an example [J]. Chin Sci Technol Resour Rev, 44(1): 27-33. [许哲平, 覃海宁, 马克平, 等, 2012. 自然科技资源的管理、共享和应用研究——以中国数字植物标本馆为例 [J]. 中国科技资源导刊, 44(1): 27-33.]

XU ZP, ZHAO LN, 2010. Chinese Virtual Herbarium (CVH) Platform [J]. Sci Data Commun, 3: 33-36. [许哲平, 赵莉娜, 2010. 中国数字植物标本馆平台(CVH) [J]. 科学数据通讯, 3: 33-36.]

ZHANG LL, CHEN J, QIAO GX, 2016. Status quo and prospect of biological specimen museums in China [J]. World Environ, (S1): 88-90. [张莉莉, 陈军, 乔格侠, 2016. 我国生物标本馆现状与展望 [J]. 世界环境, (S1): 88-90.]

ZHANG Y, 2016. Digital plant specimen technology and its application in museums of natural history [J]. Res Nat Hist Mus, 3: 84-87. [张洋, 2016. 植物标本数字化技术及数字化标本在自然博物馆的应用 [J]. 自然博物, 3: 84-87.]

ZHANG Y, ZHANG FG, FAN ZY, et al., 2015. Construction and considerations of the digital plant specimen platform in natural history museums [J]. J Zhejiang Agric Sci, 56(9): 1520-1523. [张洋, 张方钢, 范忠勇, 等, 2015. 自然博物馆植物标本数字化平台的构建与思考 [J]. 浙江农业科学, 56(9): 1520-1523.]

猜你喜欢

资源共享标本生物
昆虫标本制作——以蝴蝶标本为例
生物多样性
生物多样性
上上生物
交通运输数据资源共享交换体系探究与实现
3D打印技术在动物标本中的应用
巩义丁香花园唐墓出土器物介绍
COVID-19大便标本采集器的设计及应用
第12话 完美生物
卫康与九天绿资源共享