阳文攀，叶绍潘，叶浩强，林 清，魏 趁,张志刚，张细权，陈赞谋，张 哲*

(1.华南农业大学动物科学学院 国家生猪种业工程技术研究中心，广州 510642；2.福建傲农生物科技集团股份有限公司，漳州 363000；3.厦门银祥集团有限公司 肉食品安全生产技术国家重点实验室，厦门 361100；4.汕头大学理学院，广东省海洋生物技术重点实验室，汕头 515063)

在畜禽选育中，育种值估计准确性是影响畜禽遗传进展的重要因素之一。基因组选择(genomic selection，GS)能有效提高育种值估计准确性，已在奶牛育种中取得了较大效益[1]，并逐渐推广到猪[2]、鸡[3]、鱼[4]等畜禽及水产品种选育中。在实施基因组选择时，参考群规模和标记密度是影响基因组选择准确性的重要因素[5-6]。由于基因分型成本较高，常通过构建具有高密度SNP芯片数据或全基因组序列数据的参考群体，根据不同方法对低密度SNP芯片进行基因型填充，以获得高质量的基因型数据[7-9]。目前，该技术已广泛应用于奶牛[10]、猪[11]、鸡[12]等畜禽育种中。

通过基因型填充获取高质量高密度的基因型数据是提高基因组选择准确性的有效方式之一[13]。然而，基因型填充的准确性受诸多因素影响，如基因型填充软件[14]、参考群规模[15]、参考群体和目标群体之间的关系[16]等。其中，参考群筛选和构建方式尤为重要，参考群规模越大，基因型填充准确性越高，然而基因分型成本也随之增加[17]。研究表明，当参考群体与目标群体间的亲缘关系较近时，两者之间的单倍型长度和数量都会增加，使填充更准确[18-19]。……