基于外部知识的药物相互作用关系抽取方法
2021-12-29刘宁宁
四川大学学报(自然科学版) 2021年6期
王 芳, 龙 欣, 周 刚, 刘宁宁
(1.四川省医学科学院四川省人民医院辅助生殖医学中心, 成都 610110; 2.四川大学计算机学院, 成都 610065)
1 引 言
药物和药物的相互作用(Drug-Drug Interactions,DDI)指的是多种药物被病人在同一时间服用时,不同药物之间产生的协同或拮抗等作用[1]. 这些作用所带来的副作用会导致治疗费用增加,严重的话,甚至会对患者的身体健康造成极大的威胁.因此了解药物和药物之间的相互作用知识对于患者的诊治和医学的发展有着非常重要的意义与价值. 现阶段已经提出的药物相互作用关系提取研究,在系统生物学、个性化医学等[2]许多生物医学领域具有重要的价值.
现阶段的学者们通常从DrugBank[3],Phar-mGKB[4]等医学数据库中获取药物相关知识.然而,调研发现,医学数据库只存储了少量DDI.相比而言,相关医学文献中记录的药物之间的相互作用信息更加丰富. 且现有医学数据库主要采用手动的方式更新数据库,即依靠医学专业人员从文献中手动抽取出DDI,这种方法需要的成本高且效率较低.因此,医学数据库的更新速度远远落后于文献的增长速度,导致无法充分利用生物医学文献中海量的医学资源. 药物相互作用关系抽取旨在自动从海量的医学文献中高效、准确地抽取出关系来更新医学数据库. 此外,药物相互作用知识在药物研发、辅助医生开药、构建医学知识图谱、更新医学数据库、预防药物的不良反应等应用中也发挥着巨大的作用. 自2011年和2013年先……
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