丁 锐，胡 兵，宗小雁，韩辰阳，张丽杰，陈旭辉*

(1.沈阳农业大学土地与环境学院，辽宁 沈阳 110866；2.沈阳农业大学生物科学技术学院，辽宁 沈阳 110866；3.沈阳农业大学林学院，辽宁 沈阳 110866)

密码子是自然界中承载生命信息的基本遗传单位，是蛋白质与核酸的桥梁和纽带，在生物体传递遗传信息的过程中起到重要作用。密码子具备简并性，编码同种氨基酸的不同密码子称为同义密码子；同时，同义密码子在不同物种间的使用频率具有不均一性，这种现象被称为密码子使用偏好性[1]。密码子偏好性是生命体进化的重要特征，在自然界普遍存在并受到自然选择和基因突变等多种因素共同影响，自然选择使得不同物种的基因在选择同义密码子时倾向于使用最优密码子，而基因突变则会使部分非最优密码子存在[2-3]。由于不同物种在进化过程中受到的选择作用和突变压力的影响程度不同，因此，会形成自身独特的密码子使用偏好性[4-5]。研究表明，同一物种或亲缘关系较近的物种中基因一般具有相似的密码子使用模式[6-8]，因此，对密码子使用偏好性进行研究有助于更好地了解物种的进化。

叶绿体是植物进行光合作用的场所，同时也是一种半自主性的细胞器，拥有相对独立的一整套基因组，同时拥有复制、转录及翻译的机制。被子植物的叶绿体基因组一般由4 部分组成环状双链结构，包括1 个短单拷贝区（SSC）、1 个长单拷贝区（LSC）及2 个相同的反向重复区（IR），且SSC 和LSC 之间被2 个IR 隔开[9]。……