李星桥

武汉大学生命科学学院 湖北 武汉 430072

引言

RNA分子在细胞内并不是单独行使功能，而是通过与其他生物分子如DNA、RNA、蛋白质等发生交互来共同完成功能，RNA分子具有碱基互补配对的内在属性，使得其能形成更加复杂的结构从而适应于多样的生物学功能。RNA相互作用，是指RNA分子内部以及不同RNA分子间结合形成双链结构共同调节生物体功能[1]。这些互作信息对于理解RNA的生物学功能机制有着十分重要的作用。例如，mRNA的3’UTR目标区域可以被miRNA结合并抑制其翻译，lncRNA可以和mRNA结合促进其翻译[2]，而RNA分子自身也能形成双链，从而产生更加复杂的二级结构，进而与RNA结合蛋白结合并发挥功能。因此，如果我们能准确地获取细胞内部的RNA相互作用信息，将可以解释许多分子生物学功能和机制。

近年来，细胞内大规模地研究RNA相互作用的方法都是基于高通量测序技术开发。这些测序技术能够用于检测转录组范围的RNA互作，主要包括了PARIS[3]，RIC-seq[4]，hiCLIP[5]等测序方法。然而，RNA相互作用在生物体内是动态变化的，且不同的实验技术之间存在偏好性，所能检测到的RNA种类不同，此外部分实验方法依赖于特定RNA结合蛋白，因此不同的技术得到的RNA互作信息存在差异。根据具体的分析需求，我们应该采用合适的方法用于RNA互作研究。

1 PARlS技术原理介绍

在RNA互作研究中，各种新技术层出不穷，PARIS（Psoralen analysis of RNA Interactionsand Structures）是其中较为优秀的一种方法。PARIS技术利用了一种特殊的化学分子AMT[6]，该分子在365nm的紫外光照射下，可将细胞内RNA双链区域中的AU碱基对进行交联，这种交联是基于空间位置。……