《广州中医药大学学报》在2020 年版《中国期刊引证报告》中基金论文比为0.57；核心影响因子为0.985，在“中医药类高校学报”中列第3位；核心综合评价总分为54.90，在“中医药类高校学报”中列第4位。在2020年版《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术）》中基金论文比为0.75；复合影响因子为1.628，在“中医学和中药学类”127种刊源中列第16位。