陈伟男 李建春 刘阳 张艳明 张海宇

原发性肝癌是起源于肝脏上皮或间叶组织的消化系统常见恶性肿瘤，具有高发病率和病死率［1］。近年来，靶向治疗和免疫治疗等获得突破性进展［2］并成为研究热点［3］。本研究将通过分析现有肝细胞肝癌测序数据，进一步分析该肿瘤异质性，发现其可能存在的不同亚型以及亚型的肿瘤演进机制，为肝细胞肝癌新的诊疗方法和治疗策略的开发提供理论支持。

1 资料与方法

1.1 数据下载及整理 肝细胞肝癌样本来自TCGA 数据库（https：//portal.gdc.cancer.gov/），包含肝细胞肝癌的mRNA 表达数据和拷贝数变异数据。该数据库包含374 例肝细胞肝癌样本mRNA 表达数据和378 例肝细胞肝癌样本拷贝数变异数据。所纳入所有数据均符合TCGA 的出版指南。采用R 软件（v 4.0.0）中DESeq2包对mRNA 表达数据进行归一化分析，基于中位数绝对偏差（MAD）选择前3000 个可变性最高的编码基因纳入后续分析。

1.2 数据分析（1）肝细胞肝癌样本数据聚类分析：采用R 软件中NMF 包对肝细胞肝癌样本进行无监督聚类。使用默认参数的随机选取值，开始循环计算50次，以确定最佳等级参数，然后使用最佳等级参数循环计算300 次以获得最终的NMF 聚类分组方案。随后采用主成分分析（principal component analysis，PCA）降维，提取NMF 分组信息对样本进行标记，评估聚类分组结果的一致性。（2）免疫成分分析：采用R 软件中GSEABase 包，对样本进行肝细胞肝癌mRNA 数据行ssGSEA 分析，分析肿瘤样品的免疫成分，计算每个样本每种免疫细胞的构成。使用R 软件中ESTIMATE 包默认参数从表达矩阵中评估免疫评分和肿瘤纯度。……