基于生物信息学分析的卵巢癌中miR- 4324调控机制的研究
2021-11-05眭怡群张永胜
眭怡群,张永胜
(苏州大学附属第二医院 病理科,江苏 苏州 215004)
卵巢癌是女性生殖系统常见的恶性肿瘤之一,其发病隐匿,缺乏有效的治疗手段,致死率高,因此了解卵巢癌发生发展的分子机制并制定新的治疗策略十分重要。微小RNA(microRNA,miRNA)是一类长度19~25个核苷酸的非编码单链小分子RNA,通过与靶mRNA的3′端非编码区特异性结合,从而在转录后水平上对目的基因表达进行负调控[1]。miRNA异常表达与肿瘤的关联是目前的研究热点。近来的研究表明miR- 4324的异常表达参与了多种肿瘤的生物学过程。Li等[2]研究表明,miR- 4324通过靶向HOXB2基因,从而抑制结直肠癌的发生。Inamoto等[3]报道miR- 4324的表达与膀胱尿路上皮癌患者的预后有关。陈军莹等[4]发现,与正常宫颈组织相比,宫颈鳞状细胞癌组织中miR- 4324表达下调。目前miR- 4324在卵巢癌中的研究尚未见报道,作者旨在利用生物信息学研究miR- 4324在卵巢癌中的表达,并进一步分析miR- 4324在卵巢癌发生、发展中的作用。
1 材料与方法
1.1 提取卵巢癌中miRNA表达数据
从GEO数据库(Gene Expression Omnibus,http:∥www.ncbi.nlm.nih. gov/ GEO/)中筛选并下载卵巢癌miRNA表达的数据集GSE83693和GSE119055,评估卵巢癌中miR- 4324表达情况。数据集GSE83693包括8例原发性卵巢癌组织、8例复发性卵巢癌组织和4例正常卵巢组织。数据集GSE119055包括 6例卵巢癌组织和3例正常卵巢组织。
1.2 分析卵巢癌中miR- 4324的表达水平
用GEO2R在线工具(https:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/GEO2R/)基于R软件“LIMMA”包筛选卵巢癌组织和正常卵巢组织之间差异表达的miRNAs(DE- miRNAs),分为4个不同的组,其中数据集GSE83693分成3个组,分别为4例正常卵巢组织与8例原发性卵巢癌组织(83693NP组)、4例正常卵巢组织与8例复发性卵巢癌组织(83693NR组)、4例正常卵巢组织与16例(原发+复发)卵巢癌组织(83693NC组),最后1个组是数据集GSE119055中3例正常卵巢组织与6例卵巢癌组织(119055组)。……