基于RAD测序技术的瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)微卫星标记的开发
2021-10-18王青云郭稳杰成为为邓国乔徐洪亮夏儒龙
王青云 郭稳杰 成为为 邓国乔 徐洪亮 夏儒龙
(1 武汉市农业科学院,武汉 430207;2 华中农业大学水产学院,武汉 430070)
瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrusvachellii)隶属于鲇形目(Siluriformes)、鲿科(Bagridae)、黄颡鱼属(Pelteobagrus),是黄颡鱼属中个体最大、生长最快的类群,主要分布于长江及其支流中[1]。该鱼因肉质细嫩、味道鲜美、少肌间刺、营养价值高等优点而备受消费者的青睐[2]。但是近些年,由于生境恶化和过度捕捞等原因,瓦氏黄颡鱼野生资源遭到严重破坏,其种质资源也面临巨大威胁[3]。良种选育是我国瓦氏黄颡鱼养殖产业健康与可持续发展亟待解决的重要内容之一,而在良种选育过程中,对其遗传多样性和系谱信息的掌握是至关重要的。
微卫星标记(microsatellite)又称为简单序列重复(simple sequence repeats,SSR),因具有共显性、多态性丰富、遵循孟德尔遗传、易于检测等优点,现已被广泛用于群体遗传学[4]、亲子鉴定[5]、遗传图谱构建[6]和基因定位研究[7]等领域。近年来,新一代高通量测序技术和生物信息学分析方法的发展,使得低廉且高效地获得SSR标记序列成为可能。目前已利用高通量测序技术对黄颡鱼 (Pelteobagrusfulvidraco)[8]、茎柔鱼(Dosidicusgigas)[9]、大刺鳅 (Mastacembelusarmatus)[10]等物种进行了SSR标记的开发。本研究采用RAD(restriction association site DNA)简化基因组测序技术开发瓦氏黄颡鱼的SSR标记,以期为瓦氏黄颡鱼分子标记辅助育种提供可用的分子标记。
1 材料和方法
1.1 瓦氏黄颡鱼样本采集
研究所用的30个瓦氏黄颡鱼样本全部采自长江武汉段,剪取部分鱼的尾鳍后将其放生,尾鳍样本用无水酒精固定后于-20 ℃冷冻保存备用。基因组DNA采用TIANGEN[天根生化科技(北京)有限公司]试剂盒提取。……
