辛雅萱，黎若竹，李 鑫，陈丽琼，唐军荣，屈亚亚，，杨琳懿，，辛培尧1a，，李云芳

（1.西南林业大学 a.国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心；b.西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室,云南 昆明 650224；2.中国科学院 西双版纳热带植物园综合保护中心，云南 勐腊 666303；3.中国科学院大学，北京 100049；4.云龙县诺邓镇果郎办公区天池保护区管护局，云南 云龙 672700）

密码子是信使RNA（mRNA）分子上每相邻的三个核苷酸编成的一组，在蛋白质合成时，代表某一种氨基酸的规律。自然界中能够编码20 种氨基酸的密码子共有61 个，其中有18 种氨基酸至少有两个或多个对应的密码子，这种能够编码同一氨基酸的密码子称为同义密码子[1-2]。研究表明，不同物种、不同生物体中的密码子存在不能均衡使用的情况，一些密码子频繁出现，一些密码子极少甚至不出现，这一现象为密码子的偏好性，使用频率最高的密码子则为最优密码子[3]。而造成密码子使用偏好性的原因主要受碱基组成、基因表达水平、密码子位置、基因长度、环境压力等[4-7]因素影响。密码子的偏好性在不同物种中普遍存在，尽管表现的偏好性各有不同，但其对于物种在基因组水平上的研究具有重要意义。

叶绿体一般为共价闭合环状DNA，其基因组大小为115～165 kb，在细胞中以多拷贝的形式存在，在基因表达过程中可以进行转录和翻译[8]。由于其结构稳定、基因含量保守、分子进化速率慢等优势，叶绿体基因组被广泛应用于探究物种进化、物种分类及系统发育等研究[9-10]中。……