常言道，“好水酿好酒”“水是酒之血”。人烟稀少的青藏高原到处有双手一捧就可以喝到的纯净水和不需要再提纯的有益于人体健康的矿泉水。在这样的环境中，互助青稞酒有天然优质的水源，其重要来源是祁连山脉的冰川融水。祁连山位于青藏高原的东北沿，分布在祁连山里的2194条冰川构成1334.77平方公里的巨大冰川群，这些冰川的储冰量达615.41亿立方米。有专家进行过计算，祁连山所有的冰川储量相当于两个多三峡水库的蓄水量。这些冰川在阳光的照射下渗出涓涓细流，逐渐发育了石羊河、黑河、疏勒河三个水系56条内陆河流，以及黄河流域的大通河、庄浪河。那些源自冰川的水量约106亿立方米，它们轻轻流过山地后与天然林区的溪水相汇合，其中，大通河便流经互助县，在农业和经濟上有着重要的地位。在互助县境内，有大小河流8条，均属黄河流域湟水水系，河水清冽，水质优良。

地表水来源补给除了冰雪融水和自然降水外，还有地下水。这里潜水类型的地下水十分丰富，单井出水量一般都大于2000立方米/日，属强富水地段。青海互助青稞酒股份有限公司内的威远古井，井水由北部龙王山的冰雪融水与天然神泉溪水相合，经数十公里地下潜流，层层过滤，在互助县地质层深处升涌出地表。水质纯净甘甜，酸碱度和软硬度适中，富含锌硒等多种微量元素，属于C类（碳酸盐）与Ca（钙）组Ⅱ水质，自古以来，就是酿造青稞酒的好水。