谢长利，李祖茂

1.川北医学院，四川 南充 637000；2.川北医学院附属医院病理科

食管癌是具有较强侵袭性的消化道恶性肿瘤之一，在全球范围内属第八大最常见的癌症，也是第六大最常见的癌症死亡原因[1]。亚洲是食管癌发病率最高的地区，仅中国就占世界食管癌发病率的约一半[2]，食管癌是造成我国癌症重负的四大癌症之一[3]。食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma，ESCC)是食管癌的主要组织学亚型之一，是我国食管癌最常见的类型。ESCC的致病机制异常复杂，目前为止其发病机制仍不明确，治疗方式较单一且患者发病率及死亡率高，食管癌患者总体生存状况仍不理想[4]。当前癌症分子靶向治疗尚处于探索阶段，研究ESCC发生机制的调控网络，找寻有效的靶向治疗生物标志物有助于制定ESCC诊断与治疗的新策略。本研究旨在通过运用生物信息学方法分析GEO数据库中ESCC基因芯片数据集，发掘ESCC的核心基因，为探索ESCC的发病机制和潜在治疗靶点提供一定的理论依据。

1 资料与方法

1.1 数据资料检索与收集通过基因表达数据库GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)检索ESCC相关基因芯片。纳入标准：(1)种属“Homo sapiens”；(2)同时具备ESCC组织与配对正常食管组织；(3)ESCC组织未经放化疗等处理因素影响；(4)全基因组RNA表达谱。经检索后提取符合纳入标准的ESCC基因芯片：GSE20347[5]、GSE38129[6]、GSE77861[7]、GSE67269[8]。各芯片数据集基本信息如表1所示。

表1 ESCC基因芯片数据集基本信息Tab 1 Basic information of ESCC gene chips

1.2 方法

1.2.1 分析并获取差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)：运用GEO数据库附带的交互式网络在线分析工具GEO2R(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r)对上述4个基因芯片数据进行分析，以P<0.05且|log2FC|≥1为筛选条件，设定logFC≥1为上调表达基因，logFC≤-1为下调表达基因，获取ESCC与配对正常食管组织的DEGs。

1.2.2 获取共同……