肝细胞癌关键基因的生物信息学分析
2021-09-10隋英丽卢坤傅琳
青岛大学学报(自然科学版) 2021年2期
隋英丽 卢坤 傅琳








摘要:肝细胞癌是一种高死亡率的原发性肝癌,其有限治疗和较低的化疗敏感性,使得迫切需要寻找潜在的临床治疗靶点和预后判断的生物标志物.为此,采用生物信息学方法对肝细胞癌发生发展的关键基因进行挖掘.从基因表达数据库(GEO)中下载数据集,并筛选差异表达基因,使用在线数据库DAVID68对筛选到的DEGs进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路分析,使用在线数据库STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),利用Cytoscape软件筛选核心DEGs,并进行GO和KEGG富集分析,使用UALCAN和KaplanGMeierplotter在线数据库筛选并验证关键基因的表达以及生存预后.研究结果表明,筛选出6个关键基因RAD51AP1、FANCI、SMC2、POLE2、CENPN、WDHD1,与HCC的发生发展以及生存预后显著相关,可能是HCC的潜在治疗靶点,可能为HCC的内在机制的探究提供理论依据.
关键词:生物信息学;差异表达基因;蛋白质-蛋白质相互作用网络;肝细胞癌;富集分析
中图分类号:R735.7文献标志码:A
近年来,生物信息学分析结合基因芯片技术已经广泛应用于基因相关肿瘤的研究当中.基因芯片可以高通量地完成基因筛选与分析,在医学研究领域占据重要位置.肝细胞癌(HepatocellularCarcinoma,HCC)是全球最常见的癌症之一[1],分为原发性和继发性两大类,是与癌症相关死亡的第二大主要原因,也是世界范围内的主要公共卫生问题[2],近年来发病率仍然呈现不断上升趋势.HCC的发生发展是涉及多种因素的复杂过程,其主要危险因素与丙型肝炎后的持续病毒……
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