牦牛IL-4基因的生物信息学分析
2021-09-03赵晓萌袁肇方孙雨琪
赵晓萌,袁肇方,孙雨琪,杨 琨,2*
1.西北民族大学生命科学与工程学院,甘肃 兰州 730100;2.西北民族大学生物医学研究中心甘肃省动物细胞技术创新中心,甘肃 兰州 730030
牦牛是主要生活在喜马拉雅山脉和青藏高原的哺乳动物,其生理机能和形态结构与当地环境形成了良好的适应性,是研究低氧适应性的良好材料[1]。
白介素细胞-4(白介素-4, Interleukin-4, IL-4)为趋化因子家族的一员,是由活化的T淋巴细胞、Th2和肥大细胞等产生,是II型辅助T细胞产生的细胞因子[2]。IL4能够与IL-4受体相结合来激活免疫细胞,使T细胞和B细胞进行增殖,从而在机体的炎症反应中发挥作用。
鉴于白介素-4基因的重要生物学功能,且目前还尚未见到对牦牛白介素-4基因的生物信息学报道。本研究全面深入地对牦牛IL-4的生物信息进行分析,旨在为研究IL-4基因的高原低氧适应性生物学功能提供理论基础。
1 材料与方法
1.1 序列来源
在NCBI数据库找到10个物种与牦牛IL-4基因(登录号:XM_005888362.1),如下表1。

表1 不同物种IL-4基因的序列来源
1.2 数据分析方法
使用ProtParam、ProtScale和SignalP-4.1对牦牛IL-4基因的理化性质、疏水性与亲水性、信号肽进行分析。然后通过Netphos3.1Server、Yloc、TMpred软件对IL-4基因的磷酸化位点、亚细胞结构定位和跨膜结构区域进行预测,通过Sopma与SWISS MODERL软件分别预测IL-4基因的二级和三级结构。使用NCBI-BLAST、KEGG和STRING分析牦牛IL-4的同源性相似度、信号通路和蛋白预测互作网络。
2 结果与分析
2.1 牦牛IL-4基因的开放阅读框分析
IL-4基因的总全长为571 bp,其中CDS区的范围为67~474 bp。结果分析表明IL-4基因包含ORF1-ORF2两个子ORF,它们的核苷酸起止位点及片段大小均不同,大小分别为135 bp和277 bp。……
