屈亚亚，辛 静，冯发玉，董章宏，瞿绍宏，王海洋，李 斌，辛培尧*

(1.西南林业大学 园林园艺学院 国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心，云南 昆明 650224；2.西南林业大学 西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室，云南 昆明 650224；3.毕节市林业科学研究所，贵州 毕节 551700)

自然界共存在20种标准氨基酸，其中，除甲硫氨酸(AUG)和色氨酸(UGG)外，均由2～6个密码子编码[1]，这些编码同种氨基酸的密码子互为同义密码子。而密码子使用偏性(codon usage bias,CUB)这一概念主要指对某一种或几种特定的密码子的使用频率高于其他同义密码子的统计结果[2]。研究结果表明，物种之间、不同器官和组织之间、甚至基因之间都存在密码子使用偏性，这种由于密码子偏性造成的不同会在高表达基因中被检测到，也会对基因功能、蛋白质表达等产生影响[3-5]。在蛋白质的翻译过程中，密码子的末尾碱基很容易发生突变，因此在探究密码子偏性时，常注重于密码子末尾碱基的使用，或将其与第1、第2位碱基的使用模式进行对比分析。

不同于核遗传方式，叶绿体基因组物质主要源于母本细胞质，具有相对稳定的基因组系统和环境，且基因组长度小、基因拷贝数多[6-7]，基因组结构相对保守，是很好的研究材料，被广泛应用于物种鉴定和植物系统发育领域。随着测序技术的不断发展，越来越多植物的叶绿体基因组数据被相继发表，为基于植物叶绿体基因组的相关研究提供了储备资料。关于高等植物密码子使用偏性的研究，目前主要集中于核基因密码子，叶绿体密码子方面的研究仍具有很大潜力。……