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基于苦楝转录组测序的SSR分子标记开发*

2021-08-09蔡金峰杨晓明郁万文汪贵斌曹福亮

林业科学 2021年6期

蔡金峰 杨晓明 郁万文 汪贵斌 曹福亮

(南京林业大学南方现代林业协同创新中心 南京 210037)

苦楝(Meliaazedarach)为楝科(Meliaceae)楝属(Melia)落叶乔木,在亚洲热带、亚热带地区广泛分布,是速生、多功能、可综合利用的树种(郑万钧,2004)。苦楝自然分布区广,分布区地理气候因子差异较大,加之苦楝长期处于野生未改良状态,生态环境和自然选择对其影响较大,形成了具有丰富遗传基础的多种地理生态类型(程诗明等,2007)。

目前,国内外学者先后采用RAPD、AFLP、ISSR、SRAP等分子标记方法对苦楝遗传多样性和群体遗传结构进行了研究(Olmosetal.,2002;程诗明,2005;夏海涛,2009;陈羡德等,2010;Anoshiyaetal.,2016;廖柏勇等,2016),但与其他物种相比,苦楝在分子生物学方面的研究进展相对缓慢,特别是苦楝基因组和转录组的研究数据相对比较缺乏。另外,对苦楝分子标记的开发也较为滞后,尚未有具体针对苦楝自身开发的SSR引物的相关报道,仅有王芳等(2016)参考楝科其他近缘树种SSR分子标记设计并筛选出15对适用于苦楝的SSR引物。因此,目前缺乏适宜的分子标记开展苦楝种质遗传多样性分子评价研究,一定程度上影响了苦楝遗传改良。

近年来,随着高通量测序等分子生物学相关检测技术的快速发展,利用转录组测序的表达序列开发分子标记具有明显的优势。转录组测序不存在物种选择性,具有高的测序灵敏度,且无需特异性探针,特别是对尚未公布基因组测序信息的物种,可以快速高效地呈现出覆盖面广、准确度高的转录组信息(应东山等,2018)。由此……

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