吉木乃口岸边民互市贸易市场于2006年开始运营。根据新疆自治区《关于同意吉木乃口岸边民互市贸易市场迁至县城的批复》（新政函〔2008〕57号）文件，2008年12月，互市贸易市场迁至吉木乃县城。2019年，经海关调研并征得地委行署同意，吉木乃县实施边民互市贸易转型发展，将互市贸易市场搬迁至吉木乃边境经济合作区内，并改名为边民互市贸易区。迁建边民互市贸易区总建设用地105亩，建筑面积约1.6万平方米，资产规模达到1亿元。建成后的边民互市贸易区，以国有控股公司为主体，主导互市贸易区的管理运营。

边民互市贸易区实行“一线放宽、二线管住”的管理运营模式。一线放开，即对口岸进境物品品种、数量、金额和查验手续放开，边民入市的商品额不受最高8000元的限制。二线管住，即对互市贸易区进行严格管理。边民之间在互市贸易区内的交易必须严格遵守8000元购物限制，经查验后放行。海关验收后的商品，中国边民可自用或者进入边民互市二级交易市场进行二次交易。

边民互市贸易区建成后，进口肉类指定口岸查验区纳入吉木乃互市贸易区管理，即进口肉类指定口岸查验区与互市贸易区相连通，哈萨克斯坦货车经互市贸易区卡口放行进入进口肉类指定口岸查验区，卸货检验，存储至进口肉类指定口岸查验区冷藏库。检验合格的肉类产品可进入互市贸易区交易，享受互市贸易8000元免税政策；同时，保持进口肉类指定口岸查验区原有监管场所普通贸易政策不变，实现互市贸易与普通贸易两种政策并存、两种交易方式并行的“吉木乃模式”。

随着边民互市贸易的转型发展，进境互贸商品种类及货量不断增多，吉木乃边民互市贸易区将逐步形成互贸商品就地加工和旅游采购两种发展业态。鼓励边民参与“互贸+工厂”的经营模式，形成“以贸促工、以工兴贸、贸工互动”的良性循环，努力把互市贸易区建设成为地区旅游购物集散地。

吉木乃县将通过“互市贸易+”模式（互市贸易+工厂、+旅游、+电商、+物流等），发展壮大互市经济，切实用好、用活、用足国家给予边境地区的优惠政策，将政策优势转化为经济优势和产业优势，带动双方边民搞活边境经济。预计互市贸易年交易额可达3亿元，能带动3000余名边民就业。