田喆，岑丽兰，蒋玉洁，廖品琥

(1. 右江民族医学院研究生学院，广西 百色 533000；2. 右江民族医学院附属医院呼吸内科，广西 百色 533000；3. 右江民族医学院重症医学教研室，广西 百色 533000)

核受体亚家族4A组成员1(NR4A1)定位于人12号染色体，是立刻早期反应基因之一[1]。接受信号刺激后NR4A1分子构象发生变化，通过对靶基因调控区的识别和结合发挥转录调控作用，广泛参与细胞分化和增殖、肿瘤发生和凋亡、代谢控制、血管重塑等环节[2-5]。泛癌分析是将多组学进行整合分析，检查不同癌症类型中发现的基因组和表达变化之间的相似与差异[6]。尽管基于细胞或动物的新证据支持NR4A1与癌症之间的联系，但目前鲜少有关于NR4A1泛癌分析可用。本研究通过癌症基因组图谱(the cancer genome atlas，TCGA)和基因表达综合数据库(gene expression omnibus，GEO)，探索NR4A1在大多数肿瘤中的表达情况，并与其预后做相关性分析。分析NR4A1在癌症中的表达与肿瘤微环境中的肿瘤相关成纤维细胞(cancer-associated fibroblasts，CAFs)的关系。通过泛癌分析提供一个对NR4A1在不同肿瘤中致癌作用的相对全面的理解。

1 方法

1.1 基因表达情况 通过TIMER2(tumor immune estimation resource，version 2)工具挖掘TCGA数据库中NR4A1在不同癌症(或特定癌症亚型)和正常组织中的表达差异。使用GEPIA2工具(gene expression profiling interactive analysis，version 2)来获得癌症组织与GTEx数据库中相应正常组织之间表达差异的箱线图(box plot)。参数设置：Log2FCcutoff=1，P-value cutoff=0.01。此外，还通过GEPIA2明确NR4A1在所有TCGA癌症不同病理分期的表达水平，计算每百万转录本(transcript per million，TPM)值，用Log2(TPM+1)量表显示NR4A1的表达水平并绘制成小提琴图(violin plot)。明确基因表达水平后，利用Ualcan挖掘TCGA数据库中NR4A1的蛋白表达水平。本次研究选取子宫内膜癌(uterine corpus endometrial carcinoma，UCEC)、肺腺癌(lung adenocarcinoma，LUAD)的有效数据集。……