基于生物信息学的结肠癌核心基因筛选及验证

2021-07-14曾成祁国萍沈颖陆文斌邓建忠刘迁金建华

江苏大学学报(医学版) 2021年4期

曾成，祁国萍，沈颖，2，陆文斌，2，邓建忠，2，刘迁，2，金建华，2

(1. 江苏大学附属武进医院肿瘤科，江苏常州 213017；2. 徐州医科大学武进临床学院肿瘤科，江苏常州 213017)

结直肠癌是常见的消化道恶性肿瘤，其全球发病率仅次于乳腺癌、肺癌，居第3位，死亡率居癌症相关死亡的第2位[1]。目前认为结肠癌与遗传、环境、饮食、炎症性肠病、性别、种族等相关[2]，但其发病确切分子机制尚不清楚，临床亦缺乏早期诊断和预后判断的分子标志物。基于高通量测序及基因芯片技术的快速发展，有研究者通过生物信息学方法筛选结肠癌的潜在核心基因[3-4]，但由于数据集和筛选方法不同，筛选结果存在差异。本研究通过分析GEO数据库中结肠癌数据集，筛选结肠癌核心基因，利用TCGA数据库验证核心基因表达水平并做生存分析，最后通过体外实验探讨预后相关基因对结肠癌细胞增殖的影响，旨在获得更多与结肠癌发生发展相关的潜在核心基因。

1 材料和方法

1.1 数据集来源

从GEO数据库(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中下载数据集，筛选条件：人类结肠癌全基因组表达谱数据，样本中包含结肠癌组织及癌旁组织，样本量>50。本研究选择GSE23878、GSE37182和GSE74602数据集进行后续分析。GSE23878数据集基于GPL570平台，包含结肠癌组织35例，癌旁组织24例；GSE37182数据集基于GPL6947平台，包含结肠癌组织84例，癌旁组织88例；GSE74602数据集基于GPL6104平台，包含结肠癌组织30例，癌旁组织30例。