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基于TCGA数据库肝细胞癌microRNA-324-5p表达与预后危险因素分析

2021-07-06吴城孝周霁川肖永胜张晓光

外科理论与实践 2021年3期
关键词:数据库因素差异

吴城孝, 方 婕, 周霁川, 肖永胜, 张晓光,

(1.复旦大学附属金山医院麻醉科,上海 201508;2.复旦大学附属中山医院a.麻醉科,b.肝肿瘤外科,上海 200032)

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是常见的恶性肿瘤之一,在我国发病率较高,每年新增病例约36万例,死亡35万例[1]。由于癌细胞诊断晚、HCC耐药、复发和转移等一系列问题,目前预后仍较差[2-3]。因此,寻找新的生物标志物来预测HCC的进展和预后很有意义[4]。

MicroRNA参与细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭等多种生物学过程[5],在许多癌症的发生、发展、转移和复发中起重要作用[6]。MicroRNA(miR)-324-5p参与结肠癌[7]、胰腺癌[8]、胶质瘤[9]等多种恶性肿瘤的生物学过程。目前,miR-324-5p对HCC病人预后影响的研究证据缺乏。本研究拟通过TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库,分析miR-324-5p表达水平与HCC病人总体预后的相关性,探讨其作为HCC预后标志物的可行性,为相关的机制研究提供基础。

资料与方法

一、数据来源

检索TCGA数据库(www.cancergenome.nih.gov)下载LIHC项目中的miRNAseq数据,共374例HCC组织和50例正常肝组织。50例正常肝组织包含49例为HCC组织所属病人的正常肝组织对照,另外1例HCC病人仅有正常肝组织而无HCC组织对照。共375例病人。下载相应临床资料,于2021年3月下载。某些临床参数数据缺失的病例在后续该项临床参数分析时自动剔除。根据miR-324-5p表达水平,分为高表达组与低表达组,用于后续分析。

二、表达差异分析

将RPM格式的miRNAseq数据进行log2转化后进行样本间表达的比较。正态性检验结果显示,miR-324-5p表达在两组内接近正态分布(P>0.05)。方差齐性检验显示,miR-324-5p表达方差在统计学上不相等(P<0.05)。故选择Welch t检验分析miR-324-5p在HCC组织和正常肝组织中的表达差异。……

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