基于TCGA数据库前列腺癌预后相关mRNA风险模型的构建
2021-06-25张汉荣林联拯于忠英李金雨
渤海大学学报(自然科学版) 2021年1期
张汉荣,林联拯,赵 力,于忠英,李金雨
(中国人民解放军联勤保障部队第909医院(厦门大学附属东南医院)泌尿外科,福建 漳州363000)
0 引言
前列腺癌是一种常见而复杂的恶性肿瘤,根据最新的全球癌症统计数据,全球每年约有130万例前列腺癌新发病例,死亡病例达36万例,占所有肿瘤新发病例的15%,是男性第二常见的肿瘤类型和第五大癌症死亡原因[1-2].目前,前列腺癌的治疗方法主要有手术治疗、放疗、化疗和激素治疗[3-4].选择何种治疗手段与肿瘤的分期、分级及危险度等因素密切相关[5].前列腺癌的预后模型的构建、或利用构建的预测模型指导前列腺癌患者分层治疗是前列腺癌的研究热点之一.目前的预测模型大多数是以患者的年龄、肿瘤大小、TNM分期等临床资料为影响因素,预测模型的效率和精度上仍存在不足[6-8].随着高通量基因测序技术的发展和成熟,利用癌症基因组或转录组数据构建的癌症预后模型显示出良好的预测性能[9-10].本研究的目的是,利用公共数据库TCGA中提供的前列腺癌RNA-Seq数据,筛选潜在的前列腺癌相关基因,并利用这些候选基因构建预测模型,为临床前列腺癌的风险评估、分层治疗提供参考依据.
1. 资料与方法
1.1 研究资料
从the cancer genome atlas(TCGA)数据库(http://www.tcga.org/)下载前列腺癌及对应癌旁组织的mRNA表达数据与临床资料.TCGA数据库共收录前列腺癌癌组织492例,癌旁组织52例.
1.2 前列腺癌组与对应癌旁组织差异基因的筛选与富集分析
根据TCGA下载的数据,利用R软件的“edge”包筛……
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