多数据库挖掘苦参治疗子宫内膜癌的机制研究
2021-06-20于晓黎赵晶
于晓黎 赵晶
子宫内膜癌(endometrial carcinoma,EC)是发达国家妇女常见肿瘤,占女性生殖系统肿瘤的20%~30%[1],导致全球每年7.4万人死亡[2],2015年国人发病率是63.4/万[3]。EC是起源于子宫内膜上皮的恶性肿瘤,近年来发病率逐步升高,5年生存率却呈下降趋势[4],EC病因尚不十分明确,目前仍没有针对性治疗策略,主要以手术、放化疗和激素治疗为主[5]。中草药治疗一直是开发新治疗方法的重要方向。
1 材料与方法
1.1 苦参活性成分和靶点筛选 利用TCMSP平台和BATMAN-TCM数据库检索苦参的化学成分。依据生物口服利用度≥30%,类药性≥0.18,筛选活性成分并预测成分靶点。
1.2 EC致病靶点和苦参治疗靶点筛选并建立成分-靶点、苦参-靶点-EC网络 TTD数据库、DRUGBANK数据库和KEGG数据库,以“Endometrial carcinoma”和“Endometrial cancer”为检索词,搜索EC致病靶点。成分靶点和致病靶点进行韦恩分析,获得治疗靶点。靶点导入cytoscape3.7.2,行拓扑结构分析。
1.3 TCGA数据验证 利用TCGA数据库中EC的数据,进行K-M生存分析,使用survival、ggplot2等R包,P<0.05。
2 结果
2.1 苦参活性成分和对应靶点及对应网络分析TCMSP数据库中检索到苦参含有113个成分,筛选后剩余24个成分。从BATMAN-TCM数据库中补充的4个[(Sophoramine、(+)-allomatrine、anagyrine和kushenol J)]。另有2个成分(kushenin和matrine),在BATMAN-TCM数据库中有不同的靶点信息也补充进来。最终得到有效成分28个,靶点248个。见图1。

图1苦参活性成分-靶点网络图
2.2 EC致病靶点和苦参治疗靶点 检索到致病靶点67个,韦恩分析后得到苦参治疗EC靶点21个。
2.3 苦参-靶点-EC网络构建 苦参成分-靶点-EC网络由20个苦参成分和21个蛋白靶点构成,提取自由度大于3者作核心网络,见图2。含有8个成分和7个蛋白靶点。核心成分依自由度顺序分别是M2、22、1、3、11、8、5和M4;……
