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基于RNA-seq技术筛选低钙培养奶牛乳腺上皮细胞差异表达基因

2021-06-19姜忠玲曹荣峰田文儒丰艳妮李华涛

中国兽医杂志 2021年1期
关键词:差异检测

王 娟,姜忠玲,丛 霞,曹荣峰,田文儒,丰艳妮,李华涛

(青岛农业大学动物医学院,山东 青岛 266109)

钙是奶牛体内不可或缺的常量无机元素,参与体内多种生理过程[1],如凝血、骨生成[2]、肌肉收缩、神经传导以及能量代谢[3]等,并发挥着十分重要的作用。当奶牛受到各种因素的影响,致使其体内的钙浓度变化超出自身的调节范围时,就会引起钙代谢紊乱。尤其是围产期奶牛因妊娠和泌乳导致钙大量流失[4],极易引发低钙血症。目前,临床上对奶牛围产期低钙血症的检测多依赖于血清生化指标,但由于个体差异的原因,不同奶牛对血钙浓度变化范围耐受程度不同,血清生化指标并不能准确的预测低钙血症的发生与发展,也无法准确判定亚临床型低钙血症。因此,找出更为灵敏且精准判定奶牛围产期低钙血症的生物标志物将有重要的应用价值。随着测序技术的发展,转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术作为一种新兴技术被广泛应用于各个领域,其测序结果也在后续研究中相继被证实。虽然目前RNA-seq技术仍存在一些不足,但其具有筛选范围广、精度高、成本低、无损检测等特点,仍是临床发掘疾病生物标志物不可取代的手段。

本研究拟筛选低钙培养奶牛乳腺上皮细胞(Cow mammary epithelial cells, CMEC)差异表达基因,为临床寻找更为准确、灵敏的奶牛低钙血症生物标志物提供方法与思路。

1 材料与方法

1.1 细胞来源及处置 本实验室冻存的自行培养并且已经鉴定的CMEC细胞系,将细胞分为低钙培养组(DE)及空白对照组(DP),提取总RNA后用于后续试验。……

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