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滇白前种子转录组测序及功能注释

2021-04-12王建秋王晓丽曹子林

种子 2021年3期
关键词:数据库功能

王建秋, 王晓丽, 曹子林

(西南林业大学, 云南 昆明 650224)

滇白前(SileneviscidulaFranch)又名黏萼蝇子草,为石竹科(Cayophyllaceae)蝇子草属的一种多年生草本植物,主要生长在海拔1 200~3 200 m的四川、云南、贵州、西藏(东南)等地[1]。据研究,滇白前对铅、锌、镉具有很强的耐受性,是一种新的Pb/Zn/Cd共超富集植物,为土壤重金属复合污染地修复提供了新的种质资源[2]。目前,有关滇白前的研究主要集中于药用成分及抗癌作用上[3-4]。种子是植物生命周期下一代的载体[5],对于这一具有重要药用价值的重金属超富集植物,其种子基因组结构及其功能是否有其特殊性未见报道。转录组是特定的细胞或组织在某一发育阶段或功能状态下转录出的所有RNA总和[6],功能基因研究的主要方法是基于高通量测序的转录组分析[7]。转录组测序分析不仅能迅速获得基因转录组信息、功能注释和样品间的差异表达,而且能揭示特定生物学过程下,器官、细胞的分子机制[8]。本研究拟进行滇白前种子的转录组测序,分析测序质量并进行基因功能注释及转录因子预测,为深入挖掘滇白前的功能基因及分子机制等方面的研究奠定一定的基础。

1 材料与方法

1.1 样品采集

样品于2020年1月1日采自云南省怒江州兰坪县金顶镇凤凰山金顶铅锌矿区成熟的滇白前种子,地处北纬26°21′~27°02′,东经98°23′~99°28′,此矿区具有储量大、品位高、储存集中、埋藏浅等特点,是亚洲最大的铅锌矿床[2]。

1.2 RNA提取、文库的构建及测序

从种子中提取总RNA后,利用带有Oligo(dT)的磁珠与ployA进行A-T碱基配对,从总RNA中分离出mRNA;……

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